Совместных патентов Шухова — Берлина на новую конструкцию котла при жизни Владимира Григорьевича не было, но уже вскоре, в 1939 году, в Белгороде началось строительство нового котельного завода, где директором и главным инженером стал Берлин. Завод строился для производства «котлов конструкции Шухова — Берлина (модернизированный водотрубный горизонтальный паровой котел системы В. Г. Шухова)». После начала войны Берлин уже на основе эвакуированного из Москвы завода «Парострой» и Белгородского котельного завода развернул производство «горизонтально-водотрубных котлов для сжигания угля типа Шухова — Берлина». Но Шухов об этом уже не узнал.
В эти годы Шухов вновь соприкасается с карательными органами, пытаясь вырвать из их цепких лап своего бывшего сотрудника Леонида Лейбензона, основоположника подземной гидравлики и члена-корреспондента Академии наук СССР с 1933 года. По делу Лейбензона Шухов проходил свидетелем, выступая в суде 5 декабря 1936 года, о чем в дневнике написал: «Отвратительная свидетельница». В результате обвиняемого оправдали и освободили из-под стражи.
Дело Лейбензона, получившее отражение в дневниках Шухова, было нетипично для той эпохи. Впервые ученого и его жену арестовали в июле 1936 года на подмосковной даче в Кратове по подозрению в антисоветских разговорах, в декабре его освободили, а в январе 1937-го опять посадили. Приговорили его по статье 58-2 УК РСФСР к трехлетней ссылке в Казахстан, где он с трудом устроился учителем в школу (там его обвинили в низком научном уровне преподавания). Из Академии наук его исключили в апреле 1938 года. Хлопоты Шухова, С. А. Чаплыгина позволили смягчить участь Лейбензона, по протесту прокурора в мае 1939 года его оправдали решением Судебной коллегии по уголовным делам Верховного суда СССР. Вернуться в Москву опальный ученый смог в июне 1939-го, уже после смерти Шухова. В 1943 году его избрали академиком и дали Сталинскую премию, а умер он в 1951-м. Последние семь лет ученый был прикован к постели — сказались пребывание в Таганской тюрьме и ссылка. Так что непонятно, о какой «славе» говорит Е. М. Шухова, намекая на некую небезупречность в отношениях Шухова и его ученика, разве что о славе человека, чудом уцелевшего после двух арестов — таких людей в то время действительно было наперечет.
Последние годы Шухова связаны с личными потерями. 16 сентября 1935 года уходит из жизни единственный друг, единомышленник и искренний пропагандист шуховских изобретений Петр Худяков. Владимир Григорьевич с трудом находит в себе силы прийти на прощание с ним. А 16 августа 1937 года умирает супруга изобретателя Анна Николаевна. Вместе они прожили почти полвека. Потрясение от кончины любимой жены таково, что Шухов на две недели прекращает всякую работу. Отныне самым близким ему человеком станет старшая дочь Ксения, которая будет во всем помогать отцу в квартире на Зубовском бульваре (не считая домработницы Дуси).
В эти годы тяжелого одиночества утешением для Шухова становятся приходящие в гости внуки Алла, Лея, Федор, которых он угощает шоколадными конфетами из красивой большой коробки, стоящей в шкафу, подолгу и ласково беседует, показывает коллекцию фотоснимков. Внучка Алла Сергеевна Шухова, радовавшая дедушку игрой на концертном рояле в его квартире, отмечала, что он был похож на Чехова и Чайковского, с которыми его объединяли одухотворенность и благородство души, озаряющие внешний облик.
Более развернуты воспоминания Федора Владимировича Шухова: «Владимир Григорьевич Шухов, как мы его называли дома — «дедушка Шухов», это серо-голубые умные, добрые, чуть лукавые глаза, иногда веселые, а иногда очень усталые, с мешками на нижних веках. Он был не обычным дедушкой, а очень уважаемый глава большой семьи. Он не ласкал своих внуков, не дарил дорогих подарков и денег, считая, что все это балует. Но умел говорить с нами обо всем важном для нашего возраста и, главное, разрешал сидеть на большом кожаном диване в его кабинете и наблюдать за его работой. Так он, вечно не имеющий свободного времени, общался с нами и приобщал к своей работе. В то время он был очень значительный человек, решающий важные вопросы, пользующийся уважением и даже почтением собеседников. Говорил он всегда не повышая голоса, и только интонации определяли отношение к собеседнику и прослушанному. Интонации от мягких и доброжелательных иногда переходили к жестким, почти приказывающим. Он умел требовать и отстаивать свою точку зрения. О Владимире Григорьевиче возникало двойственное впечатление: добрый дедушка и строгий руководитель…
В тридцатые годы дедушка переехал на новую квартиру в дом на Зубовском бульваре. Новый кабинет, очень светлый, солнечный, и в нем — тот же стол, те же шкафы, тот же диван, те же модели, но нет прямой двери в проектную контору. На работу, а их теперь стало две: Стальпроект и Гипронефть — нужно ездить, а сил стало меньше, и поток людей устремился в кабинет на Зубовском бульваре. Сколько ученых и инженеров перевидали стены кабинета! Дедушка однажды спросил меня: