Положение бакуфу
осложнилось вмешательством западных держав, потребовавших выполнить данное ранее обещание открыть порт Хёго (современный Кобе). В преддверии войны с Тёсю правительство нуждалось в поддержке императора, который уже семь лет отказывался признать «неравноправные договоры» 1858 года, поэтому вряд ли можно было рассчитывать на его согласие в деле открытия города, расположенного всего в шестидесяти километрах от его дворца.Решить эту задачу взялся Ёсинобу. На правительственном совещании он доказывал, что нарушение обещания, заложенного в соглашения 1858 года, может привести к тяжёлым последствиям. Напоминал, что на иностранных кораблях, стоящих в заливе Осака, орудий больше, чем на всём восточном побережье, и что сопротивляться этой силе страна в данный момент не может. Рациональным компромиссом, по его мнению, было бы признание императором соглашений 1858 года в обмен на обещание правительства иностранцам открыть порт Хёго, но позднее. Переговоры с иностранными послами он обещал взять на себя.
На этом этапе Ёсинобу стал главным действующим лицом сложного переговорного процесса и добился успеха: 5 октября император Комэй утвердил подписанные правительством международные договоры 1858 года. Компромисс был достигнут, однако вызвал волну недовольства с обеих сторон. Радикальные сторонники императора возмущались тем, что после семи лет борьбы против международных договоров ему пришлось пойти на уступку, а в замке Эдо раздражение вызвал тот факт, что важнейшую для бакуфу
задачу решил не сёгун с советниками, а доверенное лицо императора, выступавшее от их имени. Уж не намерен ли Ёсинобу вообще отодвинуть их на второй план и всё решать самостоятельно? Такие подозрения высказывались и раньше, когда он сблизился с императором Комэй и перестал появляться в Эдо, а теперь они только усилились.Все эти события активно обсуждались и влияли на политику княжеств, прежде всего западных. В январе 1866 года руководители Тёсю (клан Мори) добились крупного успеха, заключив накануне войны с бакуфу
военно-политический союз с влиятельным княжеством Сацума (клан Симадзу). Главная заслуга в этом принадлежала Сакамото Рёма, Кидо Такаёси и Сайго Такамори. Теперь правительству противостояло не одно, а два крупных княжества. Правда, руководители Сацума прибегли к дипломатической уловке, заявив, что считают предстоящие боевые действия локальным конфликтом двух княжеств – Тёсю и Аидзу, поэтому не будут в нём участвовать. Для Тёсю это означало безопасность его юго-западной границы. Тем не менее армия бакуфу, составленная из отрядов двадцати четырёх княжеств, всё равно имела большой численный перевес.Боевые действия начались 7 июня 1866 года в провинции Суо и постепенно набирали силу по мере подхода новых отрядов бакуфу
. Сёгун Иэмоти, заболевший ещё весной, чувствовал себя всё хуже и, несмотря на все усилия врачей, скончался 20 июля в замке Осака. Во время болезни он говорил советникам, что хотел бы видеть своим преемником Таясу Камэносукэ, которому в тот момент шёл третий год, однако это его пожелание не было документально оформлено, поэтому, пока шли бои, вопрос о следующем сёгуне официально не обсуждался.Неожиданная смерть главнокомандующего осложнила положение бакуфу
, но фактически руководивший боевыми действиями Ёсинобу поначалу был настроен на продолжение борьбы. На предложение князя Сацума: 1) прекратить боевые действия; 2) распустить армию Тёсю и 3) провести правительственную реформу – Ёсинобу ответил отказом. В первых числах августа он выехал в Киото, получил от императора мандат на продолжение боевых действий и объявил, что занимает место Иэмоти во главе правящей семейной ветви Токугава и берёт себе эту фамилию. О должности сёгуна речи пока не шло; несколько месяцев она оставалась вакантной.Решающее влияние на исход второй войны с Тёсю оказала ситуация на острове Кюсю, где боевыми действиями руководил советник бакуфу
Огасавара Нагамити (1822–1891). Несмотря на численное превосходство, правительственные силы были хуже вооружены и слабо мотивированы. Местные командиры, не желавшие воевать против своих соседей, под разными предлогами уклонялись от боевых действий или вообще покидали позиции. Узнав о смерти сёгуна, Огасавара всё бросил и уехал в Эдо. Оставленный им замок Кокура, опорный пункт сил бакуфу, первого августа был сожжён, и боевые действия естественным образом прекратились; на острове Кюсю правительство потерпело поражение.После этого воевать дальше было невозможно, и Ёсинобу доложил императору, что намерен заключить перемирие. Через своего представителя Кацу Кайсю он сообщил руководителям Тёсю, что согласен расширить участие удельных князей в выработке политики и даже готов обсудить вопрос о передаче власти императорскому дому. Радикальные сторонники бакуфу
во главе с княжеством Аидзу были категорически против и требовали продолжения войны, но Ёсинобу сумел настоять на своём.