Конечно, окончательное решение об утверждении в степени принадлежало по-прежнему Синоду, и его члены обсуждали представленные архиереями отзывы в своих заседаниях. Но времени еще для одного чтения сочинения не было, сам рецензент не мог дать дополнительного комментария по работе, поэтому чаще всего эти отзывы и ложились в основу окончательного решения Синода об утверждении в магистерской степени. Однако в 1860‑х гг., при разработке новой духовно-учебной реформы, некоторые архиереи высказались критически об этом устранении членов Синода от чтения сочинений выпускников духовных академий. Так, например, епископ Смоленский Антоний (Амфитеатров) в отзыве на проект нового Устава духовных семинарий вспоминал с благодарностью эпоху КДУ, когда ее члены «наблюдали за ходом наук», сами рассматривали ученые труды, в частности магистерские диссертации выпускников академий. Синод же, не имея специального духовно-учебного или научно-богословского органа, отстранился от наблюдения за развитием богословской науки. Сперва Синод только изредка прибегал к «странному способу» рассылать представленные ему сочинения выпускников духовных академий «для рассмотрения и обсуждения епархиальным архиереям за 1000 верст». А через это теряется смысл рецензий Синода, так как нет «сосредоточения внимания и труда» высшего церковного начальства на проблемах богословской науки, нет «живого, сознательного стремления к определенной цели»[1166]
.Чаще всего все представленные на степень магистров утверждались в таковой, хотя и с временной задержкой, но бывали и «отказы».
Массовый «отказ» произошел в тяжелом для академий 1825 г., когда в Святейшем Синоде и в КДУ возникли сомнения в правильном направлении духовно-академической деятельности[1167]
. Ни один из выпускников СПбДА и КДА, представленных на степень магистра, не был утвержден КДУ. Этих выпускников утвердили в степени кандидата, но «с правом получить магистерскую степень без нового испытания, ежели заслужат одобрение от местного начальства за усердное прохождение должностей и доброе поведение»[1168]. Это решение вызвало, как писал святитель Филарет (Дроздов), в духовных академиях «неблагоприятное для учения уныние и недоумение о том, чем недовольно начальство и чего оно желает от училищ»[1169]. Срок «испытательного» прохождения должностей был назначен в два года. И действительно, по прошествии двух лет Конференции СПбДА и КДА, собрав аттестацию этих выпускников от их начальств, возобновили дело об утверждении 19 выпускников VI курса СПбДА и 12 выпускников II курса КДА в степени магистра. Аттестации были отличные, и утверждение вскоре последовало[1170]. Следует отметить, что правильность «направления» этих выпускников и воспитавших их академий была подтверждена дальнейшим церковным служением. В дальнейшем некоторые из них стали архиереями – митрополит Новгородский и Санкт-Петербургский Исидор (Никольский), архиепископ Казанский Афанасий (Соколов), архиепископ Таврический и Симферопольский Елпидифор (Бенедиктов), архиепископ Могилевский Анатолий (Мартыновский), архиепископ Черниговский и Нежинский Нафанаил (Савченко), епископ Винницкий Евгений (Добротворский), епископ Винницкий Израиль (Лукин); ректорами семинарий – архимандрит Стефан (Зелятров); профессорами академий – протоиерей Дмитрий Вершинский, С. Ф. Соловьев, В. Н. Карпов.Были и отдельные случаи отказов в утверждении магистров в степени. В 1841 г. Синод не утвердил в степени магистра выпускника СПбДА И. И. Лобовикова, оставленного в академии бакалавром греческого языка. Степень была дана через два года, причем И. И. Лобовикову, тогда уже бакалавру патристики, пришлось представить новое сочинение[1171]
.В 1862 г. только трое выпускников КазДА были утверждены в степени магистра, в связи с делом о панихиде по жертвам с. Бездны.
Первые годы деятельности преобразованных академий утверждение в магистерских степенях происходило довольно быстро – менее полугода. В дальнейшем срок утверждения увеличился: чаще всего это происходило через год после выпуска, но иногда приходилось ждать около трех лет. Так, например, 12 выпускников КазДА V курса (1854), предназначенных Конференцией к магистерской степени, утверждали в таковой группами: первая группа была утверждена 20 апреля 1855 г., вторая – 8 ноября 1856 г., третья – 4 сентября 1861 г.[1172]
Бывали случаи быстрого утверждения, но редко. Очень быстро утверждали магистров в первые годы царствования Александра II – 1856–1859: так, магистров МДА и КазДА выпуска 1856 г. утвердили уже в октябре того же года, а выпускников-магистров тех же академий 1858 г. – 1 сентября того же года, хотя и не всех[1173].