Второй период (1869–1918) представляет активную работу системы научно-богословской аттестации, модифицированной реформой духовных академий 1869 г. Эта реформа повысила научные требования и статус магистерской степени, превратив ее из учебно-квалификационной в научную. Она же перевела докторскую степень из сферы почетных свидетельств о научно-богословской значимости трудов того или иного лица в рабочую сферу оценки научно-исследовательских сочинений. С этого времени к диссертациям, представляемым на соискание двух старших богословских степеней, предъявлялось главное требование – быть самостоятельным научным исследованием. Соответствие этому требованию проверялось всеми средствами полноценной научной аттестации: предварительным рецензированием, публикацией, официальной защитой с оппонированием и дискуссией. Младшая степень – кандидата богословия – оставалась начальной, учебно-квалификационной, но и она имела право на включение в систему аттестации. К соискателям этой степени и к их исследованиям предъявлялись научные требования, а сама аттестация кандидатских работ включала рецензирование преподавателем-специалистом и обсуждение тем же Советом академии, который присуждал и старшие ученые степени. Реформа православных духовных академий 1884 г. внесла определенные поправки в систему подготовки и аттестации научно-педагогических кадров, но они не изменили действовавшую систему принципиально.
Несомненной заслугой системы научно-богословской аттестации в этом периоде стало стимулирование научно-богословской деятельности. Постепенно вырабатывались требования к диссертациям всех разрядов, как формальные, так и содержательные, хотя четко сформулированы они так и не были. Работа в этом направлении способствовала уточнению самого понятия «научное богословское исследование» и систематизации общих методов научного богословия и конкретных методов каждой его области.
Еще одной важной заслугой системы научно-богословской аттестации во втором периоде явилось упорядочение требований к научному цензу профессорско-преподавательского состава высших духовных школ и преподавателей богословия в светской школе. Это позволяло гарантировать научную компетентность преподавателей-специалистов и выдвигать определенные требования к кандидатам на духовно-учебные места. Наличие специалистов-богословов, имеющих опыт исследований и научные достижения в разных областях богословия, позволяло давать научно-богословский ответ на все актуальные запросы, возникавшие в церковной, государственной, культурной и общественной жизни. Постепенно совершенствовалась система целенаправленной подготовки научно-педагогических кадров и научного руководства в области богословия. В частности, для этого использовались, хотя и недостаточно активно, научные командировки в отечественные и зарубежные научные и учебные центры.
На протяжении всего этого периода органы управления академий – Советы – полноценно исполняли все функции диссертационных советов. Рецензентами и официальными оппонентами диссертаций были члены духовно-академической корпорации. Случаев привлечения в качестве официальных оппонентов лиц, не входивших в состав данной корпорации, практически не было. Были случаи предоставления дополнительного отзыва на диссертацию преподавателем-специалистом из другой академии, но таких случаев было всего три за все время работы дореволюционной системы научно-богословской аттестации. В этих особых случаях отзывы запрашивались от имени Синода и были обусловлены нестандартными ситуациями: либо Совет не мог вынести определенного решения о достоинстве диссертации, либо представленные двумя официальными рецензентами отзывы имели противоположные выводы.