Советы, присуждавшие ученые богословские степени, состояли из старших членов духовно-академических корпораций – профессоров и доцентов, то есть лиц, обладавших соответствующим научным цензом – магистерскими и докторскими богословскими степенями. Однако рецензентами докторских и магистерских диссертаций и официальными оппонентами на их защитах могли быть лица, сами не обладавшие соответствующей ученой степенью. Это объяснялось тем, что Совет старался назначить рецензентом или оппонентом преподавателя-специалиста, наиболее близкого по научным интересам к теме представленной диссертации. А при малочисленности духовно-академических корпораций в них чаще всего было по одному представителю той или иной области богословской науки. Поэтому нередко были случаи защит магистерских диссертаций с официальными оппонентами-кандидатами, защит докторских диссертаций – с оппонентами-магистрами или даже оппонентами-кандидатами. Это может вызвать недоумение у современного читателя, представляющего требования ныне действующей системы научной аттестации. Но следует иметь в виду, что такой подход существовал и в российских университетах XIX – начала XX в. Оправданием этого парадокса служило то, что только специалист мог дать компетентную оценку специальным научным вопросам, адекватности примененных методов, результатам и выводам. Оценка общей научной значимости исследования и его результатов была подкреплена обсуждением и авторитетом Совета, имевшего в своем составе лиц с соответствующим научным цензом.
Однако и в этом периоде корпоративный принцип научно-богословской аттестации реализовывался лишь на этапе присуждения. Присуждение степени подразумевало – по крайней мере для старших ученых степеней – утверждение этого решения церковной властью. На этом этапе исследование, представленное на соискание ученой степени, подвергалось дополнительной оценке. Корпоративный принцип присуждения ученых степеней во всей полноте, без их дополнительного утверждения, действовал в научно-богословской аттестации с января 1906 по февраль 1909 г., но был отменен церковной властью как не давший благих результатов. Духовно-академическая среда оценивала этот период и сам корпоративный принцип научной аттестации неоднозначно. Дискуссии по этим вопросам не привели к единому мнению.
Длительное отсутствие дифференциации ученой богословской степени докторского уровня и сохранение ее единства на магистерском уровне является особенностью научно-богословской аттестации и отличает ее от университетской системы. Вывод о косности научно-богословской системы, который обычно делается по этому поводу, не объясняет ситуации и лишь отчасти может быть признан справедливым. Следует иметь в виду единство богословия как научной области. Это единство, не позволяющее с должным основанием выделить те или иные сферы или аспекты богословского научного знания, периоды богословской мысли, сознавалось и составителями Уставов духовных академий и их рецензентами. Оно побуждало искать единые научно-богословские методы и критерии для оценки исследований, представляемых на соискание ученых степеней.