Остался не до конца решенным вопрос о способе присуждения ученых степеней: о полезности и эффективности диссертационных защит и степени их открытости. Каждый из опробованных вариантов – открытые диспуты, закрытые коллоквиумы, присуждение ученых степеней без защиты, на основании отзывов оппонентов – вызывал критические замечания, но единого мнения выработать не удалось. Можно предположить, что расширение состава диссертационных советов, официальных и неофициальных оппонентов, участников обсуждений диссертаций, причем не только на защите, но и в процессе подготовки, решило бы эти вопросы.
Действующая система подготовки научно-педагогических кадров была организована недостаточно эффективно. Вследствие этого духовно-академические корпорации не могли рассчитывать на компетентное пополнение, а для большей части молодых преподавателей первые годы научно-педагогической деятельности превращались в тяжелую самоподготовку в экстремальном режиме. Научная специализация не всегда совпадала с преподавательской или могла меняться при вступлении в корпорацию. Все это сказывалось на научной деятельности молодых преподавателей и ее результативности. Острота этой проблемы для высшей духовной школы подтверждается дискуссиями, сопровождавшими каждое обсуждение этого вопроса. Ни один из опробованных вариантов специальной подготовки – бакалавров (1809–1869), приват – доцентов (1869–1884), профессорских стипендиатов (1884–1918) – не дал полного успеха, хотя последний был наиболее эффективен. Первая причина недостаточной успешности системы профессорского стипендиатства видится в отсутствии единого подхода в ее реализации. Хотя Советы академий участвовали в обсуждениях планов и отчетов стипендиатов, их основное содержание определяла инициативность самого стипендиата и готовность научного руководителя к исполнению своих обязанностей. Накопленный опыт «профессорской подготовки» обобщался и анализировался на уровне каждой академии, что отчасти способствовало повышению ее эффективности. Но целенаправленной работы над совершенствованием этой системы не велось, не хватало и обмена опытом между академиями. Второй причиной подрыва этой системы являлось количественное и профильное несоответствие запроса, то есть открывающихся в академиях преподавательских вакансий с предложением – подготавливаемыми кадрами. Не для всех выпускников академий, оставляемых для «подготовки к профессорским кафедрам», кафедры были готовы, а если и открывалась вакансия, то не всегда соответствующего профиля. Решение этой проблемы предлагалось в разные эпохи и в разной форме, но суть состояла в одном – формировании «запаса» молодых научных сил при академиях, причем с возможностью межакадемического обмена. Организация таких научных отделов или лабораторий расширила бы возможность проведения системных исследований в области богословия, требующих специальных занятий, а также стимулировала бы процесс представления этих исследований в виде диссертаций.
Ряд проблем был связан с процессом подготовки и представления научных исследований. Система полноценного научного руководства при подготовке кандидатских и магистерских диссертаций лишь начинала вырабатываться. Магистерские диссертации чаще всего писались или дорабатывались самостоятельно, что существенно осложняло научную работу их авторов и снижало качество представляемых работ. При этом опыт научного руководства профессорскими стипендиатами, а также отдельные случаи научного руководства вне этой системы однозначно свидетельствовали об эффективности регулярных контактов молодого ученого с более опытным. Не было сформулировано общих требований, предъявляемых к научным руководителям кандидатских работ, процесс руководства определялся личными представлениями о таковом самих преподавателей академий, их желанием и умением работать со студентами. К тому же совмещение в одном лице научного руководства и рецензента кандидатского сочинения препятствовало выработке устойчивых научно-исследовательских традиций, принципов и методов.
Не всегда удачно определялись темы для диссертаций, их объем, подразумеваемая проблема, конкретная формулировка, хронологические или тематические рамки. Недостаток опыта каждого преподавателя мог восполняться опытом корпорации, но это не всегда реализовывалось. Хотя темы кандидатских и магистерских работ официально утверждались Советами академий, но это утверждение чаще всего проводилось формально.