Вопрос о положении богословия в системе наук вставал и в иных аспектах. За весь период столетней деятельности высшей духовной школы так и не была окончательно решена проблема научного статуса небогословских наук в высшей богословской школе. Эта проблема отражалась и на системе научной аттестации. Преподаватели небогословских наук чаще всего писали научные работы на богословские ученые степени и получали таковые. Но преподавание в высшей школе и профессиональные научные контакты требовали подтверждения квалификации в преподаваемой науке. Препятствий к получению соответствующих ученых степеней в российских университетах не было – и прецеденты были, но системы так и не сложилось. В процессе развития научных гуманитарных исследований, требующих богословских знаний, отношения богословия с историей, филологией, философией получили новый ракурс. Формальный и утилитарный вопрос – о получении степеней преподавателями небогословских кафедр – привел к глубокому и значимому выводу: богословский аспект присутствует во многих научных проблемах, традиционно относимых к гуманитарным наукам. Этот теоретический вывод имел и новое практическое приложение: разработку требований к богословским исследованиям в небогословских науках.
Напротив, расширение палитры научных исследований в духовных академиях выявило в богословской тематике вопросы, требующие специального филологического или исторического рассмотрения (исследование текстов, исторических подробностей) с применением соответствующих методов. Был поставлен вопрос о возможности представления таких работ на соискание богословских ученых степеней, а в случае положительного решения – о разработке требований к специальным гуманитарным исследованиям в богословии.
Это взаимопроникновение подняло на новый уровень традиционное понимание места и значения богословия в научных исследованиях в целом. Богословие, оставаясь самостоятельной областью науки со своей аксиоматикой, задачами, принципами и методами исследований, перспективами развития, выстраивало особые научные отношения с другими областями человеческого знания. Этот процесс обогащал богословие как самостоятельную науку включением в него результатов, полученных в других науках, и методами, ими разработанными. Осмысление же важности богословских подходов и научных методов в исследованиях, лежащих в сфере других областей знания, открывало для богословия новые перспективы.
Такая роль богословия в системе научного знания ставила с особой остротой вопрос о разработке критериев для проверки истинности самих богословских выводов и результатов. При оценке диссертаций неоднократно вставали два вопроса: