В то время как войска Ивана одерживали победы за границей и он объединил под своей властью последние независимые княжества Руси, он не пренебрегал и внутренними делами своей империи и энергично трудился над ее реформой, хотя, вместо того чтобы исследовать и искоренить всяческие злоупотребления, он предпочел подавить их железной рукой деспотизма, и таким образом они сохранились, но в скрытом виде, чтобы лишь с еще большей силой возродиться в правление другого царя и принести еще более богатые и изобильные плоды. Прежде всего, величайшая коррупция пронизывала все ветви церкви; ее вариант Писания страдал неточностями, а читали его невежественные и пропитанные суевериями священники; и после падения Константинополя, где греческая вера пришла в упадок и латинский язык давно уже распространился и преобладал на большей части государства, русские митрополиты и епископы были в основном московитами и избирались Русским синодом, и в церковные службы постепенно и почти неосознанно было введено множество изменений. В империи уже возникла любопытная секта инакомыслящих – стригольников, их учение разлетелось во всей стране, и по сей день его разделяют множество монастырей государства; а в начале правления Ивана в Москве распространилась ересь жидовствующих, основанная литовским иудеем Захарией. Они отрицали божественность Христа, ввели у себя множество необычных обрядов и находили новообращенных не только среди граждан всех сословий, но даже и среди высших сановников церкви. Приверженцы этого вероучения сурово карались, и к ним принадлежал Иван Курицын, дьяк, которого в 1505 году сожгли при собрании народа как еретика. В царствование отца Ивана Василия в России поднялись большие волнения, когда митрополит всея Руси Исидор признал догматы и главенство римской церкви. В 1432 году патриарх Константинопольский назначил его на освободившийся высокий пост; и русские авторы не стеснялись утверждать, что своим назначением он обязан интригам тайных эмиссаров папы, которые затем в Византии тщетно пытались объединить в унии с католиками раскольническую и схизматствующую Восточную церковь. Вскоре после вступления Исидора в сан римский папа пригласил его принять участие в Ферраро-Флорентийском соборе, где ожидалось присутствие самого понтифика, германского императора, кардиналов и множества прелатов; и его с превеликой торжественностью сопровождал до границ архиепископ Новгородский и целая когорта московских священнослужителей. Прибыв в Италию, он не только заявил о приверженности Москвы папскому престолу, но и был возведен понтификом в сан кардинала и вернулся в Россию, облаченный в пурпурную мантию и алую шапочку своего нового звания в католической церкви и наделенный полномочиями папского легата. Однако в Москве его ждал непредвиденный прием; при въезде в столицу его встретила мрачная и зловещая тишина, и, когда он прибыл в Благовещенский собор, чтобы принести благодарственную молитву за свое благополучное возвращение, и помянул имя папы Евгения сразу после царя, вокруг собора поднялся гневный шум; митрополита схватили, и ему лишь с трудом удалось спастись от рассерженной толпы, и Василий с негодованием бросил ему упрек как предателю веры и отчизны, приказал конфисковать его имущество, а самого его заключить под стражу в келье Чудова монастыря. Но благодаря помощи дружески настроенного священника Исидору в конце концов удалось бежать и добраться в Рим, где папа принял его самым благосклонным образом и затем отправил в Константинополь, чтобы снова попытаться примирить несогласные ветви церкви и склонить их к признанию верховенства латинского понтифика. Эти махинации, которые со временем, вероятно, могли бы преуспеть вследствие религиозного безразличия и легкомыслия греков, были, однако, прерваны последним турецким вторжением и завоеванием Константинополя; и Исидор, отступив в Рим перед неверными, провел там всю оставшуюся жизнь, получив титул и сан патриарха Константинопольского.