Новгороду так и не удалось оправиться после этого страшного и разрушительного удара, однако к концу XVI века там все еще насчитывалось 400 тысяч жителей. В этот период, надеясь освободиться от тиранической власти Ивана Грозного, он вступил в тайный договор с Польшей, с которой Грозный тогда вел войну; и когда в 1570 году о сговоре стало известно, он выступил на город и обрушил на него лютую кару, которая по своей жестокости может сравниться лишь с немногими другими, запятнавшими страницы истории чудовищным и омерзительным свидетельством человеческих преступлений и изуверств. Устроенный им в городе кровавый трибунал, который по праву заслужил так именоваться, ежедневно казнил, нередко подвергая их чудовищным пыткам, по пять сотен несчастных новгородцев; царь отдал на опустошение всю окружающую местность, улицы города запрудили 60 тысяч тел погибших и умирающих, и все эти ужасы прекратились лишь после того, как трупы настолько загрязнили воды Волхова, что в русском лагере появилась чума. Как и следовало ожидать, эти две осады крайне встревожили иноземных купцов, которые до той поры вели с Новгородом обширную торговлю, и помешали им и дальше жить в городе или вести с ним какие-либо коммерческие дела. Отчасти тамошняя торговля перешла в Ревель, когда тот попал под власть шведов, а основание Санкт-Петербурга положило окончательный конец коммерческому господству древнего города. Иван III даже лишил город архиепископа, и его место какое-то время пустовало; но по настоятельной просьбе граждан спустя несколько лет он назначил новгородского епископа, хотя тот получил лишь очень небольшую долю доходов и десятины, которые прежде были выплачивались его предшественникам и затем были конфискованы и присвоены алчным царем. Бывший архиепископ Феодосий, которому удалось вымолить у Ивана жизни множества жителей, в 1478 году был отправлен в Чудов монастырь, где и окончил свою беспокойную, полную событий жизнь в мире и покое своей кельи.
Вскоре после Новгорода последовала осада и подчинение Пскова; также и Вятка присоединилась к владениям царя, после того как ее трех ее главных посадников повесили над городскими воротами; а в 1496 году русские войска, дислоцированные в Казани, отразили нападение на нее сибирского хана, последовали за врагом через Уральские горы в болотистые пустоши Обдорского края, где истребовали с самоедов и остяков ежегодную дань в виде нефти и меха. Они привезли в Москву несколько вождей этих северных племен, и тех поразило великолепие теремов по сравнению с их убогими землянками, карет и лошадей и прекрасно одетых горожан, которых они видели по всему городу, так что они сразу же предложили Ивану признать его владычество и вернулись с грузом подарков, чтобы поведать на берегах Оби об удивительной мощи и богатстве его империи. В Пермь и другие северные провинции царь назначил вице-губернатора, чья резиденция сначала располагалась в Холмогорах, а затем в Новохолмогорах, городке на побережье Белого моря, который позже стал известен как порт и город Архангельск.
Польша с тревогой наблюдала за победами своего могущественного соседа и после падения Новгорода заключила союз с кипчакскими татарами и объявила войну России. Иван направил армию в Литву и захватил несколько пограничных городов; но в 1413 году московиты потеряли важную крепость Смоленск, считавшуюся оплотом их империи, и вернули ее уже лишь в 1514 году, когда Смоленск был взят сыном Ивана Василием и с тех пор всегда принадлежал России. Однако вскоре Москва заключила с поляками перемирие, после того как их король Казимир тщетно взывал о помощи к Венгрии; но между татарами и русскими по-прежнему существовала вражда, и на протяжении многих лет они вели между собой страшную войну. В 1490 году сербы, которые до той поры оставались польским протекторатом, разгневались на оскорбление, нанесенное их послам в Вильне, и предложили свою преданность русскому царю. В то время, хотя Валахия находилась в руках турок, на Молдавию поочередно претендовали то Венгрия, то Польша, и изгнание ее князя Александра узурпатором по имени Богдан стало поводом к длительной войне со второй державой и привело к османскому вторжению в Польшу в 1498 году, и, хотя туркам не удалось одержать решающей победы, они все же, по своему обыкновению, разграбили и опустошили страну.