Первоначально предполагалось открыть клинические отделения в общей сложности на 250 коек, но из-за недостатка средств институт был открыт в составе четырех отделений: двух клинических (терапии и хирургии в общей сложности на 80 коек) и двух теоретических (патологической анатомии и физиологии). Цели и задачи института в целом при его открытии были определены в «Положении об институте», в котором говорилось, что Клинический институт имеет целью:
содействовать практическому изучению свойств болезней и способов их врачевания;
способствовать молодым врачам усовершенствоваться на практике в важнейших отраслях медицинской науки;
оказывать врачебную помощь больным обоего пола, как помещенным в заведение, так и приходящим.
Новое заведение обещало быть универсальным, охватывая самые важные области медицинской науки. К тому же в роли студентов выступали не зеленые юнцы, которые еще не нашли себя, а практикующие врачи со своим профессиональным опытом. Можно только представить, как сильно увлекла эта задача нашего героя. И, конечно же, ему тут же захотелось выстроить для ее воплощения достойные современные здания с высокими потолками и огромными окнами, через которые бы в аудитории и палаты лились потоки света. Вот только всё, как всегда, упиралось в деньги. Нет сомнения, что именно Склифосовскому приходилось изыскивать средства, необходимые для стройки и ремонта. Вот что он пишет по этому поводу своей дочери Ольге: «Вступил в новую должность… По основной мысли Клинический институт представляет прекрасное учреждение, отвечающее одной из самых существенных потребностей нашей внутренней жизни; но для поддержания его отпускается мало средств. Нужно очень много денег, чтобы поднять институт на высоту действительного его значения.
Откуда добыть денег? Вот существенный вопрос… Говорят, что в Петрограде нечего рассчитывать на частные пожертвования и нужно искать только правительственной поддержки. А какова эта поддержка — мы знаем… Посмотрим, что будет…»
После смерти великой княгини попечителями стали ее сыновья, они продолжали выделять средства, чтобы институт мог «восполнять пробелы в знаниях врачей, практикующих в провинциях, дать им возможность от времени до времени знакомиться с новыми методами лечения, всегда держаться на высоте современных научных требований, чтобы оправдать возлагаемые на него надежды». Вот только средств не хватало…
Благодаря хлопотам Николая Васильевича правительственные субсидии Клиническому институту увеличились почти в два раза. Масштаб научной и клинической работы не уступал хозяйственным усовершенствованиям. В 1896 году были учреждены новые кафедры: гинекологии, офтальмологии и нервных болезней. А созданный рентгеновский кабинет был позже преобразован в первую кафедру рентгенологии. Эти нововведения существенно усилили учебно-научный потенциал института и расширили диапазон приема слушателей.
И, конечно же, наш герой снова с головой ушел в строительство и обустройство новых помещений. В 1894 году возвели павильон-приют им. Н. И. Жуковской с операционным корпусом. До этого единственная операционная располагалась в главном здании рядом с кабинетами и лабораториями профессоров и консультантов, приемным отделением — в свете асептики условия совершенно неудовлетворительные. А воздвигнутый в краткие сроки новый операционный павильон отвечал всем требованиям стерильности. Старую операционную тоже модернизировали, но позже, в 1897 году. Она имела невысокие потолки, поэтому при скоплении врачей-слушателей в ней быстро становилось жарко и душно. Склифосовский добился преобразования ее в двухэтажный зал с оконными проемами во всю высоту стены. В том же 1897 году начинается строительство амбулаторного корпуса — полного света и воздуха здания, в котором осуществлялся прием больных по разным специальностям. Кроме того, заложили фундамент изоляционного павильона для инфекционных больных. К 1898 году закончили третий этаж кухонного флигеля в главном здании, предназначенный для проживания медицинского персонала. А еще во всем институте провели керамическую канализацию (при том, что центральной канализации в Петербурге тогда еще не было) и заменили газовое освещение электрическим.