Пациентам обеспечили невиданный по тем временам комфорт. Огромные окна клиник, обращенные на юг, давали много солнечного света и воздуха в просторных палатах. Хороши оказались и аудитории — с прекрасной акустикой, электрическим освещением, позволявшим проводить срочные ночные операции (и все это при том, что главным принципом строительства являлось «соблюдение крайней экономии»). Кроме того, в каждое здание вели отдельные входы — для больных и студентов, причем входы для больных были устроены с фасада, а входы в учебные помещения выходили на широкий проезд, идущий параллельно улице. Кроме многочисленных разнопрофильных лечебных заведений на территории комплекса были возведены научно-учебные институты медицинского факультета, в том числе патолого-анатомический, судебной медицины и оперативной хирургии. В общей сложности в клиниках насчитывалось 600 коек (именно это их количество, напомним, было оговорено изначально), из которых 250 по соглашению с городом действовали круглый год.
Открывшиеся просторы вдохновили исследователей. При медицинском факультете ИМУ как грибы начали вырастать научные общества: Акушерско-гинекологическое общество (1887), Русское офтальмологическое общество (1889), Московское общество невропатологов и психиатров (1890), Московское венерологическое и дерматологическое общество (1891), Московское общество детских врачей и Московское гигиеническое общество (1892), Московское терапевтическое общество (1895).
Трудно даже представить себе, что значит быть главным куратором такого эпохального строительства. Огромное количество организационных задач, колоссальная ответственность… Кажется, такое дело должно занять человека полностью, не оставив времени и сил на другую деятельность. Тем не менее все время, которое строился клинический городок, Склифосовский оперировал и преподавал с немалым энтузиазмом. В первый же год после переезда он преобразил московские клиники в соответствии с принципами асептики и антисептики. Все помещения Клиники факультетской хирургии в Ново-Екатерининской больнице на Страстном бульваре были заново отделаны: стены и потолки палат и коридоров окрашены клеевой краской, паркетный пол покрыт непроницаемым слоем масляной краски, в операционной паркет заменили асфальтом. По распоряжению Николая Васильевича хирурги и ассистенты надевали чистые белые халаты, а руки, после тщательного мытья, обеззараживали в растворе карболовой кислоты или сулемы. Инструменты обрабатывали антисептическими растворами. К операции готовили и больных: они принимали одну или несколько ванн, операционное поле тщательно выбривали, очищали щеткой с мылом. Многие подобные инструкции, введенные Склифосовским, действуют в больницах и сегодня.
Большие требования предъявлял Николай Васильевич и к младшему и среднему персоналу: обязательным стало соблюдение ими чистоты и опрятности в работе. Он запрещал им даже подходить к больному с немытыми руками.
С приходом Склифосовского преобразилась и обветшалая клиника на Рождественке: была капитально отремонтирована аудитория, переоборудованы палаты и учебные комнаты, выделена приемная для осмотра приходящих больных. Приобрели также лабораторное оборудование и хирургические инструменты, в лаборатории появился микроскоп, а в операционной — паровой карболовый спрей.
С каким же нетерпением Николай Васильевич ждал открытия операционной в новой хирургической клинике! Его детище, созданное под неусыпным руководством, как оно выглядело? Подробное описание приводит профессор Владимир Кованов: «Операционное помещение было изолировано от больничной и учебно-административной части клиники и снабжено различными приспособлениями для асептического производства операций. Операционный стол — металлический. Рядом помещался аппарат для стерилизации инструментов кипячением; здесь же — аппарат Шатерникова для дезинфекции рук. Несколько в стороне от операционного стола находился стеклянный стол для инструментов, мраморная доска для наиболее необходимых во время операции предметов. Далее, у стола стоял стеклянный шкаф для хранения перевязочных средств. Рядом с операционной в аудитории — стерилизационный аппарат, работающий при высоком давлении до 2 атмосфер, и аппарат для стерилизации сухим воздухом. Простерилизованный материал (халаты, простыни, марля, вата) переносили из аппарата к операционному столу. Стены и потолок выкрашены белой масляной краской, пол асфальтирован и выкрашен масляной краской. Вся комната омывалась гидропультом. В операционную были проведены вода и газ».
Слухи о всех этих невиданных новшествах охватили Москву. Интерес подогревало то, что роскошные условия оказались доступны не только богачам. Плата за место составляла 4 рубля 50 копеек в месяц, что не так много. Неимущие и вовсе принимались бесплатно, для этого на пожертвование Павла Григорьевича Шелапутина существовало Благотворительное общество помощи бедным больным. Зато уж отдельная палата стоила целых 75 рублей в месяц.