Активизация борьбы с зубатовщиной стала в тот период одной из главных задач московских социал-демократов. В этой работе МК РСДРП большую роль отводил Скворцову, теоретическая подготовленность которого, хорошие организаторские способности получили широкую известность в революционных кругах Московской губернии. По поручению Московского комитета в сентябре 1901 года дважды в Подольск для встреч с Иваном Ивановичем Скворцовым по вопросам налаживания конспиративных связей между подмосковными социал-демократами и нелегальной издательской деятельности выезжал член МК РСДРП Л. Л. Никифоров. Особые трудности встретились в деле приобретения и хранения печатной техники. Условились, что следующая встреча состоится в Москве.
И вот 27 сентября Скворцов прибыл в Москву. Вначале совещание предполагали провести в «солидной квартире» какого-то крупного адвоката. Однако в последний момент тот струсил и стал бормотать о каких-то явно неправдоподобных «чрезвычайных обстоятельствах». Пришлось собраться в тесной квартирке Л. Л. Никифорова в Косом переулке. К восьми часам вечера пришли все приглашенные: И. И. Скворцов, В. А. Базаров, В. Л. Шанцер (Марат), ставший в 1905 году одним из организаторов Московского вооруженного восстания, И. А. Давыдов, П. П. Куняев — участники первых марксистских кружков в Москве.
Л. Л. Никифорову немного нездоровилось, он полулежал на постели. Приподнявшись, он прежде всего провозгласил:
— Товарищи, честь имею представиться: Московский комитет социал-демократической партии. Кооптирую всех.
Это заявление мало кого удивило: от МК РСДРП остался один Л. Л. Никифоров, других арестовали, сослали, некоторым удалось эмигрировать, поэтому требовалось срочно расширить состав комитета. Так И. И. Скворцов стал членом МК РСДРП.
Стали обсуждать самые неотложные задачи текущего момента. Быстро пролетели каких-нибудь полтора часа.
Вдруг резкие звонки в парадную дверь. В квартиру врываются городовые и жандармы. Во главе этого «воинства» — жандармский ротмистр Сазонов, правая рука самого Зубатова, а также секретарь охранки Войлошников (его расстреляют рабочие Пресни в декабре 1905 года).
Из полицейского дела известно, что кто-то из участников совещания успел выкинуть через окно на улицу сверток, в котором оказались две рукописи под заголовками «Зубатовская тактика» и «Что такое демонстрация и для чего она нужна». По почерку сразу установили — Скворцов. Ивана Ивановича, кроме того, обвинили в распространении газеты «Искра» и ряда партийных материалов в… Иваново-Вознесенске (в ходе допросов это не подтвердилось). Жандармерия усердно вела следствие, которым руководил ротмистр Сазонов. Однако арестованные революционеры вели себя стойко, ничего от них добиться так и не удалось…
На свободе оставалось несколько видных руководителей московских рабочих-революционеров, и среди них Николай Бауман и Иван Бабушкин. А вскоре в Москву прибыл Виктор Ногин, и при первой же встрече Бауман рассказал ему. что он вместе с Богданом (Бабушкиным) сколачивает сейчас московское отделение «Искры».
— Ты, Виктор, прибыл как нельзя вовремя, — сразу начал Бауман. — И Марат-Шанцер, и Скворцов, и Никифоров сейчас в Бутырской тюрьме. Держатся очень стойко. Наша задача — восполнить эту потерю удвоенной активностью революционной работы. Должна по всем районам шире распространяться «Искра». Организуем на всех крупных заводах выступления лучших ораторов. Повсюду — листовки. Воспитывать новых бойцов!
— На очереди созыв съезда партии, — сказал после некоторого молчания Ногин. — Эта наша работа тоже будет вкладом в дело подготовки его. Надеемся, к этому времени Иван Скворцов, Марат и другие товарищи сумеют вырваться на свободу. Я вижу, Грач, ты в этом убежден?
После шестимесячного заключения в следственной тюрьме И. И. Скворцов и его товарищи по обвинению в организации «социально-революционной партии» (полиция не сумела установить, что они социал-демократы) под усиленным конвоем были высланы в Восточную Сибирь на три года.
Так Иван Иванович вновь встретился с Владимиркой, на которую он часто выходил в далекие детские годы, провожая печальным взглядом идущих по ней в сибирский край кандальников. А теперь он сам проделал путь по Владимирке, уже как зрелый революционер, и мрачные картины, увиденные им когда-то на богородском тракте, невольно воскресли в его памяти.
Весной 1902 года Скворцов оказался в глухой деревушке под городком Ачинском Енисейской губернии, недалеко от тех мест, где за год до этого находился в ссылке Владимир Ильич Ленин. До Ачинска везли в арестантском вагоне, затем пешим строем — до ссыльной колонии.
Порядок дня, который установил для себя Иван Иванович, был обычным для многих ссыльных: до обеда чтение литературы и корреспонденций, прогулки по вечерам и встречи с «нужными людьми», сборы в укромном месте или у кого-нибудь из считающихся вне подозрений. А что касается писем ачинцев в Центральную Россию, то к ним был особо повышенный интерес в «черном кабинете» начальника Главного управления почт и телеграфов Российской империи генерала Петрова…