Именно оттуда избранный царь направился в ожидавшую его Москву. Однако триумфальной его поездку в столицу назвать никак нельзя. Страна пребывала в таком хаосе, что о существовании самого государства можно было говорить с известной долей условности. Часть казаков во главе с Заруцким сразу отвергла новоизбранного. На руках у них имелся свой кандидат — сын Марины Мнишек, они строили планы вокруг него. Другие продолжали существовать в прежнем режиме, то есть разбойничать и грабить, отвлекаться на очередного царя считалось потерей времени. Казацкими бандами настолько кишели дороги, что даже Михаил с матерью, следуя к Земскому собору, долго не могли выехать из Троицко-Сергиева монастыря, опасаясь за свои жизни. Всё это наглядно показывает, насколько шатким являлось избрание, предстоящее будущее тоже не обещало быть радужным.
Венчание на царство, состоявшееся в июле 1613 года, дало старт пожалованиям земель тем, кто поддержал нового монарха. Речь идёт о перераспределении земельного фонда или формальном закреплении вотчин, которые уже находились под контролем его сторонников. Законный вид этому придавало решение Земского собора: «Прошлого не ворошить, и старых счетов не поднимать». Кто бы в Смутное время в каком лагере ни подвизался, за ним оставлялись чины, награды и пожалования. Не трудно понять, что в наибольшем выигрыше оказались бывшие «служивые Тушинского вора» — Лжедмитрия II: они составляли костяк, обеспечивший возведение Михаила на престол. Исследователи изучили корпус грамот о раздачах земель и выяснили, что больше всего досталось именно «тушинцам», как из бояр, так и из казаков; сотни вояк из воровского лагеря превратились в зажиточных дворян. Избавились лишь от откровенно засветившихся у поляков, как, например, Фёдора Андронова, ведавшего при них казной Кремля и нажившего на том массу недоброжелателей.
Бывшие «тушинцы», сплотившиеся вокруг Михаила, объявили своими заклятыми врагами всех продолжающих делать иные ставки. Последующие пять лет вся страна по-прежнему напоминала арену с рыскающими повсюду украинско-польскими бандами. Крупным очагом сопротивления с осени 1613 года стала Астрахань, где осел Заруцкий и Мнишек с сыном. Здесь они вынашивали планы похода на Самару и Казань. Через некоторое время к ним присоединился родной брат Заруцкого, Пробившийся из Литвы аж через всю страну. Бои с этой компанией продолжались вплоть до середины следующего года, когда правительственным войскам удалось одержать верх. После чего предводителей отправили в Москву, где Заруцкого посадили на кол, четырёхлетнего «ворёнка» удушили, а Мнишек умерла по дороге в столицу в Коломне.
Серьёзную головную боль властям доставлял Лисовский со своим отрядом. Его тактика состояла в том, чтобы избегать крупных и прямых столкновений с царскими войсками. Зато он со знанием дела проводил отличавшиеся жестокостью набеги на разные уезды, появляясь то тут, то там. Причём это воинство постоянно укрывалось на территории Речи Посполитой. Сигизмунд ІІІ открыто поддерживал Лисовского, снабжал деньгами, удостоил личной аудиенции. В 1616 году, готовясь к очередному рейду, верный королевский слуга разбился, упав с коня. Не меньшую опасность представлял и ещё один персонаж — атаман Янко Баловень. Летом 1615 года тот даже сподобился пойти на Москву с жёсткими денежными требованиями. Его отряд остановился в селе Ростокине, угрожая городу, когда основные силы были задействованы против Лисовского. Справиться с Баловнем удалось лишь хитростью: его с 36 соратниками пригласили в Кремль к царю, якобы обсудить предполагаемые выплаты. Там их схватили и приговорили к повешению, остальных, лишившихся руководства, разогнали.
Все эти события — любимые сюжеты хронистов, с воодушевлением повествующих об освободительной войне, возглавляемой Романовыми. Между тем новая власть воспринималась тогда не так восторженно, как изображалось впоследствии. В этом нет ничего удивительного, поскольку её лицо определяли запятнанные сотрудничеством с Сигизмундом ІІІ бояре, соединившиеся теперь с теми, кто на протяжении ряда лет грабил и насиловал страну. Разумеется, население не могло не испытывать к ним вполне определённых и понятных чувств. Когда предводители ещё первого ополчения Заруцкий и Трубецкой раздавали грамоты на угодья от своего имени, то мужики с помощью стрельцов часто не пускали новоявленных хозяев в пожалованные волости.