Из Яицкого городка Пугачёва во избежание всяких недоразумений перевезли в Симбирск под конвоем двухсот солдат при двух орудиях. Там в течение месяца его ожидали допросы с истязаниями, которые вели П. С. Потёмкин, Н. И. Панин, И. И. Михельсон. Как сообщает присутствовавший при допросах П. С. Рунич, «злодей, хотя сильный пот всё лицо его покрывал, с твёрдым голосом и духом отвечал на все расспросы». Интересно, что люди не верили в поимку своего кумира. Желая убедить население в аресте, Потёмкин и Волконский предлагали Екатерине ІІ демонстративно провезти Пугачёва из Симбирска в Казань, а лучше прямо до Москвы, дабы предъявить того сомневающимся. Но императрица наотрез отвергла эту затею, опасаясь возобновления недовольства. Вместо этого Пугачёва молниеносно доставили в Москву в сопровождении Смоленского драгунского полка, Нарвский пехотный полк рассредоточили по станциям следования. В ноябре 1774 года его привезли в Первопрестольную, посадив на Монетном дворе (Охотный ряд). Допросы продолжил прибывший из Петербурга обер-секретарь сената С. И. Шешковский. По личному указанию императрицы он выявлял следы иностранного участия в разжигании беспорядков. Напомним: именно во время восстания в Европе заговорили о некой княжне Таракановой, выдававшей себя за дочь Елизаветы I, чьё появление во время бунта сочли неслучайным: Алексей Орлов (брат фаворита Григория) в конце 1774 года обманом вывез её из Италии в Петербург.
Следствие велось над многими из пугачёвского окружения, суд возглавлял князь Вяземский. К смертной казни были приговорены шесть человек Е. И. Пугачёв, А. Т. Перфильев, М. Г. Шигаев, И. Н. Зарубин, Т. И. Подуров, В. И. Торнов. Народ, к толпам которого Пугачёв обратился с последним словом, выразил своё недовольство казнью «превеликим гулом» и «оханьем». К тому же на второй день при объявлении «высочайшего помилования» выдавшим Пугачёва предателям никто не явился к Красному крыльцу, таким образом выразив презрение к изменникам. Пытаясь как можно скорее перевернуть эту неприятную страницу, правительство 17 марта 1775 года обнародовало манифест об амнистии за все преступления, совершённые во время бунта. Тем, кто был осуждён на смерть, приговор заменили каторгой, телесные наказания смягчили. Дом Пугачёва в Зимовейской на Дону снесли, а станицу переименовали в Потёмкинскую — в честь восходящей придворной звезды.
Оценивая материалы Пугачёвской войны, следует подчеркнуть, что здесь рельефно проявились две России, которые сформировались в горниле религиозного раскола после гражданской войны 1670-х — начала 1680-х годов. Российский мир Пугачёва практически не был связан с правящей прослойкой, ставшей опорой Романовых. Тем не менее в его недрах происходили процессы, во многом определившие ход отечественной истории. Можно утверждать, что именно здесь произошло фактическое решение того самого национального вопроса, который неизменно относится у нас к разряду наиболее сложных и щепетильных. Как мы видели, в пугачёвских рядах сплотились люди разных народностей и вер, однако это нисколько не помешало им прекрасно понимать и взаимодействовать друг с другом. Их сроднила общая цель — сбросить с себя ненавистных оккупантов, державших людей на положении рабов. Уроки Пугачёвской войны убеждают, что только такой фундамент может обеспечить искомое национальное единство, которого, несмотря на все старания, не смогла добиться Российская империя во главе с Романовыми. Не смогла по главной причине — эта власть была по своей сути типичной колониальной администрацией, абсолютно чуждой всем проживающим здесь.
Взгляните: на одной стороне народности, укоренённые в нашей земле, в обширном Волжском бассейне, на Урале. Их невозможно оторвать друг от друга, как невозможно отделить Каму или Оку от Волги. Можно только используя ложь и обман, разобщить, поссорить, к чему искусно прибегала никонианская правящая прослойка. Дошедшие до нас материалы восстания наглядно демонстрируют, из кого состоял «русский» мир Екатерины II. Если в ходе Разинского восстания его украинско-польско-немецкая физиономия ещё только формировалось, то теперь она проявилось с предельной ясностью, что и запечатлела народная война 1773–1774 годов. Перечислим встречавшихся в документах генералов, офицеров, чиновников: Кар, Фрейман, Брандт, Рейнсдорп, Ступишин, Корф, Мелин, Муфель, Билов, Щербатов, Потёмкин, Державин, Бутримович, Кардашевский, Волконский, Шешковский, Якубович, Бошняк, Чорба, Лерковский, Штерич, Панин, Бибиков, Суворов, Лукин, Делонг, Голицын, Лазарев, Фегезак, Симонов, Аршеневский, Древиц, Зимнинский, Рунич, Фризель, Буткевич, Фок и др.