Большинство родных и знакомых крайне отрицательно отнеслись к решению Швейцера уехать в Африку, считая его просто безумным или же, как минимум, легкомысленным. Ему пришлось выдержать огонь обвинений, исступленных уговоров и даже клеветы. Но всё это его не сломило. Он сумел проявить большую твёрдость духа, отстоять и свою индивидуальность и желание жить так, как считает нужным он сам.
В 1911 году Швейцер наконец получил диплом врача. Ему уже было почти 37 лет. Но уехать в Африку сразу же он, конечно, не мог. Из-за нехватки денег не закончилась закупка необходимого оборудования - ведь нужно было абсолютно всё: и для хирургии, и для акушерства, и для лечения буквально всех болезней (глазных, ушных, сердечных и т.п.), в том числе и тропических, совершенно неизвестных европейским врачам.
В 1912 году Альберт Швейцер сочетался браком с Еленой Бреслау, дочерью преподавателя истории Страсбургского университета. Мужу в то время было тридцать семь лет, жене - тридцать три. Она тоже имела специальность - была преподавательницей в гимназии, а, кроме того, занималась музыкой, руководила детским церковным хором, опекала страсбургских сирот. Впоследствии, несмотря на слабое здоровье, Елена в течение многих десятилетий оставалась верной помощницей и единомышленницей Альберта и это стало основой их счастливого брака.
В 1913 году супруги наконец-то отправились в Африку. На пассажирский пароход загрузили 70 ящиков, предназначенных для будущего госпиталя. Надо сказать, что все-таки Швейцеру так и не удалось собрать необходимую сумму денег и часть оборудования и лекарств была закуплена на деньги, взятые им в долг у друзей. Впоследствии в течение многих лет этот долг висел на нём тяжким грузом и ему, ограничивая себя и свою семью во всём, приходилось изыскивать деньги и постепенно расплачиваться, а последние долги были ликвидированы уже только после первой мировой войны.
Это своё долгое путешествие Швейцер затем описал в книге "Между водой и девственным лесом (переживания и наблюдения врача в девственном лесу Экваториальной Африки)", написанной прекрасным, живым языком и вышедшей в 1921 году. Когда же пароход прибыл в Габон, то Швейцерам ещё пришлось ...заплатить колониальным таможенникам громадную пошлину за ввозимые грузы, ведь никого из колониальной администрации абсолютно не волновало, что это была благотворительная помощь местному населению. В конце-концов супруги и их груз добрались до глухого селения Ламбарене, где и предполагалось построить госпиталь, который впоследствии стал для всего мира символом деятельного гуманизма. За девять лет, прошедших с того дня, когда Швейцер прочитал призыв в миссионерском журнале, он оказался ... первым и единственным, кто откликнулся на него!
Построить больницу даже в европейском городе достаточно сложно. Ну а построить больницу в девственном тропическом лесу, наверное, просто невозможно. Но Швейцеры сумели сделать это. Сначала под приёмный покой они кое-как переоборудовали ...старый курятник. В глухой африканской деревне невозможно было найти никаких строительных рабочих, да и африканцы стремились работать на лесозаготовках (колонизаторы скупали для нужд Европы драгоценную тропическую древесину и им нужны были кули) и отнюдь не горели желанием бесплатно или почти бесплатно работать на каких-то белых чудаков.
Африканское население страдало самыми разными, причем крайне запущенными болезнями, не говоря уж о постоянных травмах и несчастных случаях на охоте и рыбалке или же на лесоповале, где, разумеется, не было никакой охраны труда. К тому же, все болезни были осложнены скудным питанием, а нередко и голодом, и просто невежеством населения. Вот как писал об этом сам Швейцер: