Швейцер вернулся в Ламбарене только в конце 1929 года. При этом его сопровождали жена, а также молодая женщина-врач и лаборантка. На этот раз на судно погрузили сто двадцать восемь ящиков для нужд больницы! Однако в Африке здоровье Елены опять сильно ухудшилось и весной 1930 года она с тяжёлым сердцем была вынуждена вернуться в Европу.
Весной 1934 года Швейцер и сам снова выехал в Европу, где в очередной раз прочёл цикл лекций по философии, культуре, искусству, а также обдумывал свои новые труды. Величайшим вкладом в историю мировой культуры стал написанный им в то время труд "Мировоззрение индийских мыслителей. Мистика и этика", где он глубоко проанализировал учения упанишад, брахманизма и Будды. Джавахарлал Неру, известный во всём мире индийский политический деятель, с большим интересом следил за деятельностью Швейцера, Ромен Роллан также был его другом. Интересно, что Геббельс даже прислал приглашение Швейцеру приехать в Берлин в качестве гостя Третьего Рейха и прочесть в Германии курс лекций. Разумеется, Швейцер ответил отказом.
Зимой 1935 года Швейцер снова отправился в свою больницу, однако на этот раз пробыл в Африке недолго - он вернулся в Европу уже летом того же года. И опять началась нескончаемая череда концертов, лекций, докладов... Теперь слава Швейцера уже докатилась и до Американского материка. Так продолжалось до весны 1937 года, когда Швейцер снова вернулся в Ламбарене.
Обстановка с мире в эти годы была уже очень неспокойной, в Германии пышным цветом расцветал фашизм, чувствовалось приближение новой мировой войны. Два последующих года Швейцер провёл в Ламбарене, как всегда, в самом напряжённом труде. Теперь больница была целым городком и функционировала, можно сказать, почти идеально - ежедневно она обслуживала уже триста пациентов! Нередко персоналу больницы приходилось не только кормить, но даже и одевать пациентов, которые приходили сюда просто в лохмотьях. При больнице были свои сад и огород, что позволяло намного улучшить рацион пациентов.
Международная обстановке тем временем накалялась всё больше и больше, что очень тревожило Швейцера. Ведь он не забыл того, что довелось ему испытать когда-то во время первой мировой войны! В самом начале 1939 года Швейцер в глубоком волнении за судьбы мира снова отплывает в Европу, где пробыл всего один месяц, употребив всё свое время лишь на закупку лекарств и оборудования. То, что он увидел в Европе, убедило его в неизбежности грядущих трагических событий, а также и в том, что даже далёкие африканские страны не смогут избежать общей участи и в ближайшие, может быть, очень долгие годы, персоналу больницы придётся надеяться только на себя, а, возможно даже, и буквально сражаться за свою больницу.
Уже в 1939 году больница в Ламбарене ощутила на себе военные действия: последняя партия медикаментов, закупленная Швейцером во время его последнего столь короткого визита в Европу, так и не дошла до больницы никогда - судно, перевозившее груз, было потоплено германской подводной лодкой. Теперь больнице приходилось всеми силами экономить лекарства и перевязочные материалы, отказывать в приёме не самым тяжёлым больным, отсылать их домой и переводить на амбулаторное лечение. Теперь больница не могла лечить одновременно более сорока человек. Ведь не было никакой надежды на дальнейшее пополнение медицинских припасов. И в то же время всех постоянно угнетала одна и та же мысль: "Как же так, здесь в Ламбарене мы, отказывая себе во всём, несмотря ни на какие трудности, днём и даже ночью лечим людей, боремся за каждую человеческую жизнь, а в это же время в мире ежедневно тысячи людей гибнут под бомбами, становятся калеками. Есть ли смысл в нашей работе?" Война дошла даже и до Ламбарене, где осенью 1940 года шли военные действия между войсками генерала де Голля и правительства Виши.
Больнице остро нехватало медикаментов, а ведь в таких условиях врачебная деятельность почти что теряла весь свой смысл. Ниоткуда не приходило никакой помощи. Весь персонал изнемогал от переутомления и отчаяния, вызванного международными событиями, особенно известием об атомных бомбардировках Хиросимы и Нагасаки, в которых погибло сто сорок тысяч человек, не считая, конечно, жертв, вызванных последствиями радиации в последующие годы.
В это время в своём "Африканском дневнике с 1938 по 1945 год" Швейцер писал: