Его исследовательская деятельность отнимала у него почти все силы и время. Пржевальский неуютно чувствовал себя в больших городах. В Петербурге и в Москве его раздражали «вечная суматоха, толкотня человеческого муравейника», у него начинались головные боли, бессонница. Вот почему он спешил уехать из городов. Пржевальский трепетно любил свою мать, ее смерть он воспринял как великое горе. Он так и не обзавелся семьей, хотя был очень общительным, щедрым, красивым и физически крепким человеком. Вероятно, у него просто не хватало времени для романов. Он жалел о своем одиночестве: «Речь о генеральше, вероятно, останется без исполнения, не те уже мои годы, да и не такая моя профессия, чтобы жениться. В Центральной же Азии у меня много оставлено потомства – не в прямом, конечно, смысле, а в переносном: Лоб-Нор, Куку-Нор, Тибет и проч. – вот мои детища». Он завещал похоронить себя на берегу озера Иссык-Куль. На его могиле был установлен черный крест с простой надписью: «Путешественник Николай Михайлович Пржевальский. Родился 1839 г., марта 31-го. Скончался 1888 г., октября 20-го». Есть одно любопытное и до конца не объясненное обстоятельство. И.В. Джугашвили-Сталин (1878–1953) внешне исключительно был похож на Н.М. Пржевальского. В год рождения Сталина-Джугашвили путешественнику было 38 лет, он некоторое время лечился на Кавказе.
Н.М. Пржевальский исключительно трепетно относился к Смоленской земле, где он родился, провел детство, учился в гимназии в Смоленске, где сложились отличительные черты его характера, зародилась и утвердилась любовь к природе и путешествиям и где в своем имении Слобода особенно плодотворно и результативно работал. Н.М. Пржевальский гордился своими предками. Родоначальником их рода считался запорожский казак Паровальский Карнила Анисимович, который в сражениях под Полоцком и Великими Луками проявил особое мужество, за что в 1581 г. ему были пожалованы дворянское звание и фамилия Пржевальский.