Зима 1613/14 годов прошла относительно спокойно. Весной удалой атаман планировал поход под Самару и Казань. Своим подручникам он говорил так: «Знаю я московские наряды: [артиллерию] пока люди с Москвы подойдут, я Самару возьму да и у Казани повоюю». Поскольку его войско сильно поредело, то были разосланы грамоты от имени «царя Дмитрия, царицы Марины Юрьевны и царевича Ивана Дмитриевича» по многим казачьим станицам. У беднейших казаков они находили отклик. Они говорили: «Нам все равно, где добыть себе зипунов». Но богатые казаки не собирались ссориться с новым московским государем. Некоторые даже предлагали обманом явиться в Астрахань, арестовать там Марину и Заруцкого и выдать их правительству. Все это свидетельствовало о сложном положении «астраханской царицы».
Вскоре астраханцы узнали, что против Заруцкого и Марины отправлены правительственные войска во главе с князем И. Н. Одоевским. Эта весть взбудоражила и соседний терский гарнизон. Его воевода Петр Головин решил сам пойти войной против астраханских «воров» и отправил под Астрахань 700 стрельцов во главе с В. Хохловым. Когда отряд подошел к городу, из него выбежали 2000 мужчин и 6000 женщин и детей, запуганных Заруцким. Сам атаман с Мариной и Иваном заперлись в кремле и попытались обстрелять противников из пушек. Но весть о подходе царских войск заставила их покинуть Астрахань.
В ночь 12 мая 1614 года Марина вновь превратилась в беглянку. С сыном и несколькими служанками она села на судно и отправилась вниз по Волге. Сзади с казаками и награбленным добром плыл Заруцкий. Но далеко уйти им не удалось. Хохлов отправил за ними погоню, и разгорелся бой. Марине приходилось опасаться за маленького сына, который, попав в воду, неминуемо бы утонул. Но на этот раз все обошлось благополучно. Под прикрытием ночи 320 большинству судов удалось выйти в открытое море и избавиться от погони. На небольших речных судах удаляться от берега было опасно, поэтому беглецы решили войти в устье реки Яик (Урал) и спрятаться на одном из островов.
Тем временем к Астрахани прибыли войска И. Н. Одоевского. Жители встретили князя хлебом-солью и сообщили, что Марина и Заруцкий нашли пристанище у яицкого атамана Уса. б июня на их поимку были отправлены 100 стрельцов. Уральские казаки не захотели проливать кровь за непрошеных гостей и охотно указывали дорогу правительственному отряду. 23 июня стрельцы добрались до Медвежьего острова, на котором Марина и Заруцкий пытались схорониться. Разгорелся недолгий бой. Казаки быстро сообразили, что силы слишком неравны, и сами выдали беглецов.
Таким образом, Марина с сыном Иваном и своим покровителем Иваном Заруцким оказались под стражей. Все их довольно значительное имущество было конфисковано. Сначала пленников привезли в Астрахань. Но там их держать побоялись, поскольку среди донских казаков продолжались «шатость и нестроение». Поэтому Марину с сыном тут же отправили под охраной 600 стрельцов речным путем в Казань. Заруцкого повезли отдельно с 230 стрельцами. Его охранникам было приказано тут же убить пленника, если кто-нибудь захочет его освободить. Но русские люди уставшие от кровопролития и междоусобия, не захотели помочь Марине вновь обрести свободу. Все понимали, что вместе с сыном она может стать заводчицей «нового разлития христианской крови».
Что испытала Марина во время путешествия в Москву, неизвестно. Может быть, она молила Бога, чтобы он вновь спас ее, может быть, пыталась уговорить стражников отпустить ее домой в Польшу. Теперь ей приходилось опасаться не только за свою жизнь, но и за жизнь маленького сына. Ведь Ивану было только три с небольшим года, и вряд ли он понимал, что происходит вокруг.
В столице состоялся боярский суд над «ворами». Заруцкого как самого виновного посадили на кол. Смерть его была необычайно мучительной. Было решено казнить и малыша Ивана, который хоть и не совершил никакого преступления, но мог стать притяжением антиправительственных сил. Действительно, много позднее выяснилось, что один поляк пытался подкупить стражников для того, чтобы подменить маленького мальчика другим ребенком. Сына Марины он хотел отвезти в Польшу, чтобы тот, повзрослев, смог снова организовать поход на Русь. Однако осуществить свой замысел он не успел. Ивана повесили сразу после вынесения приговора.