Через месяц после триумфального въезда в Москву полководец-освободитель М. В. Скопин-Шуйский внезапно скончался. Многие стали поговаривать, что он был отравлен по приказу царя Василия, увидевшего в лице племянника слишком опасного соперника. В итоге авторитет московского государя окончательно упал. Никто не хотел за него сражаться. В этой сложной ситуации польский король Сигизмунд отправил против Василия Шуйского войско под командованием опытного гетмана Жолкевского. Летом состоялась Клушинская битва, во время которой царская армия была полностью разгромлена. Шведские наемники прямо с поля боя направились к Новгороду и вскоре его захватили. Для поляков путь к Москве оказался свободным.
Лжедмитрий II, узнав о плачевном положении своего противника Василия, также выступил в поход. Он прибыл в Коломенское и расположился в загородной царской резиденции, ожидая дальнейших событий. В Москве всеобщее недовольство Шуйским к этому времени достигло предела. Этим воспользовались эмиссары Лжедмитрия и предложили москвичам избавиться от ненавистного царя, после чего вместе избрать на престол более достойного кандидата. Те живо откликнулись и 17 июля арестовали В. И. Шуйского вместе с братьями, потом царя и царицу постригли в монахи.
Таким образом, путь к престолу для Лжедмитрия оказался открытым. От многообещающих вестей сердце Марины возликовало. В Калуге даже были устроены веселые празднества по случаю свержения «узурпатора Шуйского», однако они оказались преждевременными. Власть в столице перешла в руки семи бояр — Семибоярщины. Возводить на престол безродного бродягу Лжедмитрия II они категорически отказались. Не нужна была им и полячка Марина Мнишек. Но поскольку отогнать самозванца от Москвы у бояр не было сил, то они были вынуждены вступить в переговоры с польским гетманом Жолкевским и поддержать план бывших тушинцев избрать новым царем королевича Владислава, сына Сигизмунда III. После подписания соответствующего договора Жолкевский ударил по войску Лжедмитрия и заставил вновь вернуться в Калугу. С этого времени многие польские сторонники самозванца превратились в его врагов и вступили с ним в борьбу. Теперь главными его соперниками в схватке за престол стали король Сигизмунд и его сын. Марина же по условиям русско-польского договора должна была вернуться в Польшу и навсегда отказаться от своих прав на царскую корону.
Смена противника привела к тому, что ряды сторонников Лжедмитрия стали уменьшаться. Одним из первых покинул Калугу касимовский хан. Он поспешил к Сигизмунду под Смоленск, чтобы высказать свои верноподданнические чувства. Но поскольку при дворе Лжедмитрия остался его сын, то хану пришлось вернуться, чтобы его забрать. Мстительный и жестокий лжецарь тут же наказал изменника — по его приказу хан был утоплен. Это очень возмутило всех татар, и они поклялись отомстить за смерть своего соплеменника.
11 декабря Петр Урусов во время охоты зарубил лжецаря. Когда его тело привезли в Калугу, Марина, находившаяся на последнем месяце беременности, выбежала из своих покоев и в отчаянии стала кричать о мщении убийцам мужа. Тут же схватили тех татар, которые ничего не знали о заговоре Петра Урусова. Их зарубили саблями и бросили в реку. Только немногим удалось бежать в Крым.
Потом приближенные лжецаря отправились в лес, где нашли тело самозванца, уже ограбленное, оставленное в одной рубашке. Они привезли его на санях в город, обмыли, пришили голову, одели в красивое платье и выставили на помосте для всеобщего обозрения. Несколько дней все желающие могли проститься со своим государем. Немало настоящих, неподдельных слез пролила и Марина. Ведь все-таки самозванец был ее единственной опорой и отцом будущего ребенка. Без него перспектива становилась туманной и пугающей.
Волнения и тревоги привели к тому, что роды начались немного раньше срока. Но на здоровье ребенка это никак не сказалось. Мальчик родился крепышом. Его нарекли русским именем Иван и крестили по православному обычаю. Твердо решив связать свою судьбу с Россией, Марина хотела, чтобы ее сын не казался русским людям иноземным выродком. Бояре Лжедмитрия поклялись верно служить своему будущему государю — царевичу Ивану и выделили на его содержание довольно значительную сумму. Это позволило молодой матери на какое-то время успокоиться. Вскоре ее главным покровителем стал казачий атаман и тушинский боярин Иван Мартынович Заруцкий. Статный и красивый казак уже давно смущал Марину своими огненными взорами. Но возбуждать ревность у мнительного и скорого на расправу мужа она не решалась. Теперь же, став молодой вдовой с младенцем на руках, она остро нуждалась в крепком мужском плече. Новый союз был взаимовыгоден. Полячка получила возможность стать казачьей царицей, Заруцкий рассчитывал на роль всесильного временщика. Ради своих честолюбивых планов он даже отправил в монастырь законную супругу.