В конце 1609 года в Тушино прибыли послы от короля с предложением всему воинству перейти к нему на службу. Сигизмунд обещал тут же выплатить жалованье, которое Лжедмитрий уже давно задерживал. Многие решили, что служить законному монарху выгоднее и почетнее, чем неизвестному бродяге. Узнав о готовящейся измене, самозванец решил бежать. 400 донских казаков согласились его сопровождать. Однако беглецам не удалось уехать достаточно далеко. По приказу Рожинского они были схвачены и возвращены в лагерь. После этого за «цариком» установили строгий надзор и отлучили от всяких дел. В неведении пребывала и Марина. За их спиной начались новые переговоры с посланцами короля. Обеспокоенный Лжедмитрий напрямую спросил Рожинского: «Для чего прибыли королевские послы?» В ответ услышал только брань. Когда лжецарь возмутился грубостью ответа, то гетман даже пригрозился побить его. Все это убедило самозванца в том, что его жизни угрожает большая опасность. В тот же вечер он переоделся в крестьянское платье и вместе со своим любимым шутом Кошелевым на навозных санях отбыл из Тушино. Марина, естественно, ничего не знала о побеге супруга, поскольку того не интересовала ее судьба. В новой осложненной ситуации она уже была ему не нужна и представляла собой лишнюю обузу. Когда наутро стало известно об исчезновении Лжедмитрия II, большая часть тушинцев решила перейти на сторону короля Сигизмунда и известила об этом его посланцев.
Все эти новости буквально убили Марину. Вновь она лишалась надежд на светлое будущее. Бледная, рыдающая, с распущенными в знак скорби волосами, бродила она по лагерю, заглядывала в воинские палатки и умоляла их обитателей не покидать мужа и помочь вернуть «отчий престол». Но мало кто откликался на ее призыв. Постыдное бегство окончательно подорвало авторитет «царика».
Тушинцы решили отправить к королю посольство с просьбой дать на московский престол своего сына Владислава. В этой ситуации Марине оставалось только бежать куда-нибудь с надеждой на перемену судьбы в лучшую сторону. Она свято верила в то, что «кого Бог осветит раз, тот будет всегда светел. Солнце не теряет своего блеска потому только, что иногда черные облака его заслоняют». Марина не желала выглядеть трусливой беглянкой в глазах общественности, поэтому польскому королю она написала так: «Всего лишила меня превратная фортуна, одно лишь законное право на московский престол оказалось при мне, скрепленное венчанием на царство, утвержденное признанием меня наследницей и двукратной присягой всех государственных московских чинов». Утверждая свои права на московский престол, «тушинская царица» вспомнила, что венчание ее на царство произошло раньше бракосочетания с первым Лжедмитрием и само по себе уже возносило на трон, даже без мужа. Благодаря этой церемонии она имела самостоятельное законное право на царский венец. Правда, ни русское общество, ни король Сигизмунд этого признавать не хотели.
Покидая Тушинский лагерь, Марина оставила послание и для воинства. «Не могу уже дальше быть к себе жестокой, попрать, отдать на произвол судьбы и не радеть о том, что люди добродетельные ставят выше всего, и не уберечь от окончательного несчастья и оскорбления себя и своего сана от тех самых, которым долг повелевает радеть обо мне и защищать меня. Полно сердце скорбью, что и на мое доброе имя, и на сан, от Бога данный, покушаются! С бесчестными меня равняли на своих собраниях и банкетах, за кружкой вина и в пьяном виде упоминали! Тревоги и смерти полно сердце от угроз, что не только, презирая мой сан, замышляли изменнически выдать меня и куда-то сослать, но и побуждали некоторых к покушению на жизнь мою! Подобно тому, как я не могла вынести оскорбления невинности и презрения, так и теперь не попустит Бог, чтобы кто-нибудь часто спекулировал моей особой, изменнически выдавая меня, прислуживаясь, понося меня и мой сан, задумывая увезти меня туда-то и выдать тому-то, ибо никто не имеет никаких законных прав ни на меня, ни на это государство. Не дай Бог того, чтобы он когда-нибудь порадовался своей измене и клятвопреступничеству! Теперь, оставшись без родителей, без родственников, без кровных, без друга и без защиты, в скорби и мучении моем, препоручив себя всецело Богу, вынужденная неволею, я должна уехать к своему супругу, чтобы сохранить ненарушенной присягу и доброе имя и хотя бы пожить в спокойствии и отдохнуть в своей скорби, ожидая от Бога — защитника невинности и правосудия — скорейшего решения и указания.