Правда, очень скоро новоявленная царица обнаружила, что второй Лжедмитрий во многом отличается от первого. Он был груб, мрачен, подозрителен и, казалось, боялся самого себя. Среди соратников он не пользовался уважением, более того, они нередко вступали с ним в споры и презрительно обзывали «цариком». Кроме того, приходилось постоянно демонстрировать приверженность православной вере: посещать близлежащие монастыри, участвовать в богослужении. По мнению самозванца, это должно было привлечь на его сторону простых людей. Чтобы католическое духовенство не заподозрило ее в измене вере, Марина регулярно слала письма папскому нунцию, в которых уверяла в своей благонадежности и обещала «употребить все меры и все силы к тому, что только будет относиться к славе всемогущего нашего Бога и распространению римско-католической веры».
Таким образом, двойственное поведение полячки свидетельствовало о том, что она вполне осознанно шла на обман. В качестве самооправдания говорила, что является коронованной царицей и должна разделить со своим государством все, что «ниспошлет правосудный Бог». Поэтому возвращаться на родину в позоре и унижении она не собиралась. Более осторожный и дальновидный Юрий Мнишек предпочел в январе 1609 года покинуть Тушино. Меньше чем через месяц он достиг польской границы.
После отъезда отца Марина почувствовала себя очень одинокой, ведь именно он был ее главной опорой и советчиком во всех делах. Сразу же вслед за ним полетели письма. В первом «покорная слуга и дочь» просила прощения за то, что простилась с родителем не должным образом и не получила родительского благословения. Возможно, Юрий не хотел, чтобы Марина оставалась в Тушино, и звал ее с собой. Кроме того, «московская царица» просила отца прислать ей двадцать локтей черного узорчатого бархату для летнего платья, которое она собиралась носить в пост. Эта просьба свидетельствовала о том, что материальное положение тушинской государыни было просто плачевным. Во втором письме Марина жаловалась, что не может отправить к отцу своего посланника, поскольку у нее нет денег, чтобы оплатить его дорогу. Третье письмо, посланное в марте 1609 года, просто жалобное, и заканчивалось оно такими словами: «Милостивый государь мой батюшка, помните, как вы с нами кушали лучших лососей и старое вино пить изволили, а здесь того нет. Ежели имеете, покорно прошу прислать».
Получалось, что в Тушино у Марины не было не только подходящей одежды, но и хорошей пищи. Будучи уже второй раз замужем, она все еще считала своим покровителем отца, а не Лжедмитрия II. Последний, судя по всему, о жене мало заботился и не испытывал к ней каких-либо теплых чувств. Только политический расчет связывал его с полячкой. Марина, видимо, отвечала супругу тем же. В письмах к отцу она о нем не упоминала, лишь отмечала, что относятся к ней не так, как было обещано. Но при явно отчужденном отношении к Лжедмитрию Марина все же не забывала об их общих интересах: разбить врагов и заполучить московский трон. Поэтому в каждом письме она просила отца похлопотать перед польским королем и выпросить военную и материальную помощь. Однако у Сигизмунда появились свои собственные планы относительно раздираемого междоусобием ослабленного Русского государства. Права своей подданной на московскую корону он не собирался признавать. Для него стало выгодней расправиться с самозванцем и самому попытаться завладеть Москвой или хотя бы Смоленском.
Осенью 1609 года королевская армия перешла русскую границу и осадила Смоленск. В Тушино приехали гонцы, приглашавшие польских сторонников Лжедмитрия прибыть в лагерь Сигизмунда. Положение самозванца, а значит, и Марины очень осложнилось. С севера неумолимо приближались полки Михаила Скопина-Шуйского, шедшего на помощь царю Василию, с юга шла Понизовая рать Ф. И. Шереметева, с запада грозился польский король. В самом таборе зрела измена.
Письма Марины к отцу со второй половины 1609 года наглядно отражали тягостную обстановку в Тушинском лагере. Грабежи и разбои поляков и казаков настроили против них население многих городов и сел. Деньги и продовольствие для армии почти перестали поступать. Это привело к раздорам и конфликтам среди обитателей табора. Перспектива выглядела очень туманной, поэтому печаль и уныние стали обычным состоянием царицы.