В начале июня было организовано торжественное перенесение мощей царевича Дмитрия из Углича в Москву. Встречать мощи святого вышли все: царь Василий, Марфа, московское духовенство, знать и тысячи горожан. Священники и монахи несли иконы, кресты и хоругви. Главная церемония состоялась за городом. Мощи Дмитрия были привезены на богато украшенной повозке. Марфе было позволено подойти к ней и посмотреть на то, что было когда-то ее ненаглядным ребенком. От нее требовалось публичное опознание останков. Вместе с царем Василием она послушно воскликнула: «Днесь зрим мы истинного юного Дмитрия, убиенного в Угличе, и Божие провидение сохранило его столь же свежим, как если бы его только сейчас положили в гроб». После этого все присутствующие стали славить и благодарить Бога за его милость и дарование людям необычайного чуда и нового святого. Однако некоторые современники усомнились в том, что тело царевича могло столь хорошо сохраниться в течение 15 лет. Они даже предположили, что вместо истлевшего Дмитрия на всеобщее обозрение был выставлен труп какого-то недавно умершего мальчика. Возможно, так оно и было, поскольку привыкшие лгать Василий и Марфа легко шли на любой обман. Тело святого с почетом отвезли в Архангельский собор и установили на особом помосте. Но приближаться к нему разрешалось далеко не всем. Считалось, что маловерующие могут осквернить его своим прикосновением. Только под присмотром священника болящим позволялось прикоснуться к раке святого и получить исцеление.
Наконец-то Марфа смогла успокоиться. Теперь ее как мать святого уже никто не осмелится тронуть. Действительно, царь Василий оставил ее в покое и больше не просил сочинять грамоты в разные города. Бывшая царица осталась жить в Вознесенском монастыре в тишине и почете, на полном государственном обеспечении, правда, ценные подарки Лжедмитрия у нее были отобраны.
Относительное затишье в стране было недолгим. Уже осенью к стенам Москвы подошли войска под предводительством Ивана Болотникова, которые хотели скинуть узурпатора Шуйского и вновь посадить на престол якобы спасшегося «царя Дмитрия». На этот раз Марфа решила не рисковать и не поддержала новую самозванческую авантюру. К тому же теперь ей вряд ли кто-нибудь поверил бы. Она даже посоветовала родственникам возглавить царские полки и сразиться с новыми мятежниками. Те так и сделали и успешно громили болотниковцев под Калугой и Тулой. После взятия в плен Болотникова и «царевича Петрушу», явного самозванца, назвавшегося сыном царя Федора Ивановича, М. Ф. Нагой был оставлен воеводой Тулы.
Даже когда в Тушино расположилось большое войско Лжедмитрия II, выдававшего себя за первого самозванца, Марфа не изменила царю Василию и не стала вступать в тайные сношения с его соперником. Она осознала, что политические игры для нее становятся слишком опасными, однако коварный Шуйский не захотел быть благодарным. Испытывая материальные затруднения, он конфисковал у Марфы последние ценные украшения, которые подарил ей еще Иван Грозный. Естественно, что все это возмутило бывшую царицу, но защитить ее интересы было некому.
Ни драгоценности Марфы, ни поборы с церквей и монастырей не помогли царю Василию сохранить власть. К лету 1610 года всеобщее негодование достигло предела, и он был скинут с престола. Власть в свои руки взяла Боярская дума, в которую входили и родственники Марфы. Главой «Семибоярщины» стал Ф. И. Мстиславский, которого Нагие когда-то прочили в цари, поэтому перемены в Кремле не затронули Вознесенскую монахиню. Она осталась жить в своих палатах, правда, уже на более скудном пайке. Ведь теперь она уже никого не интересовала.
На московский трон решили пригласить польского королевича Владислава, не имевшего отношения к прежней династии, а значит, и к царевичу Дмитрию. Ему не нужны были ни разоблачения самозванцев, ни новые святые-чудотворцы. За его спиной стоял католик — польский король Сигизмунд III. Все это прекрасно понимали и, желая получить новые чины, должности, пожалования и т. д., стали забрасывать польского монарха челобитными с различными просьбами. Не осталась в стороне и Марфа. Она написала королю об обидах, которые нанес ей Василий Шуйский: ограбил, отнял то, чем пожаловал ее великий князь Иван Васильевич, кормил от двора скудной пищей, прислуге ее ни денежного жалованья, ни хлеба не давал. В итоге она во всем обнищала и оказалась в больших долгах. Инокиня слезно просила Сигизмунда определить ей и ее людям средства на традиционное для государевых вдов содержание.
Следует отметить, что и в этом послании Марфа слукавила. Ведь подаренные ей царем Иваном Грозным дорогие вещи были конфискованы еще в 1591 году, когда ее постригли и отправили в ссылку, Василий Шуйский отобрал у нее многочисленные подарки Лжедмитрия, который ничего не жалел для своей мнимой матери, и некоторые безделушки, оставшиеся от мужа.