По совету матери молодой царь решил некоторое время пожить в Ярославле, чтобы привыкнуть к своему новому состоянию, собрать вокруг себя круг верных людей и дождаться, пока в Москве будет все готово к приезду. Ведь даже жить в Кремле было негде. Михаил попросил бояр приготовить для него Золотую палату царицы Ирины, рядом с которой были мастерские палаты и сени, а для матери — деревянные хоромы царицы Марии, жены Василия Шуйского. Однако в ответ узнал, что эти помещения быстро восстановить нельзя, они без кровли, полов, дверей и окошек. Плотников хороших не найти, да и подходящего строительного материала нет. Поэтому взамен бояре предлагали Михаилу поселиться в комнатах Ивана Грозного, а для приемов использовать Грановитую палату. Марфу Ивановну они собирались поселить в Вознесенском монастыре, там, где жила Марфа Нагая. Последнее сообщение возмутило молодого царя. Он вовсе не собирался разлучаться с матерью и хотел, чтобы она жила рядом с ним. Бояре же, видно, мыслили иначе. Они знали, что Марфа имела большое влияние на сына, была умна, осторожна и дальновидна. Для некоторых царедворцев, желавших быстро выдвинуться, она могла стать препятствием в осуществлении честолюбивых планов.
Переписка по поводу покоев закончилась победой бояр. Они попросту не подготовили для Марфы комнаты во дворце, и той невольно пришлось поселиться в Вознесенском монастыре. Но это не помешало ей сохранить большое влияние на сына. В наибольшей мере оно сказалось на подборе ближайшего окружения царя. В него вошло много представителей ее рода Салтыковых-Морозовых.
Вскоре в Ярославль стали прибывать не только просители, искавшие защиты у нового царя, но и дьяки, подьячие, стольники, жильцы, желавшие войти в правительство Михаила Федоровича. Вокруг него собралось множество людей, готовых поддержать юношу и помочь ему начать царствовать. Это дало возможность уже из Ярославля отправить по городам воевод и сборщиков денег и продовольствия. В Москве же без приказного аппарата временное правительство было вынуждено сложить свои полномочия. Государев двор также начал формироваться в пути. Первое время функции дворецкого исполнял Ф. И. Шереметев, но затем по совету Марфы им стал ее племянник Б. М. Салтыков. Второй ее племянник, М. М. Салтыков, получил должность кравчего.
Только 16 апреля Михаил и Марфа покинули Ярославль. Объясняя свою задержку, они ссылались на плохие дороги и разлив Волги. Гонцы же добирались до столицы всего за три дня. Большие остановки были сделаны в Переславле-Залесском, Ростове, Троице-Сергиевом монастыре. Всюду Марфа и Михаил посещали святые места и молились у чудотворных мощей и икон.
25 апреля в небольшом селе у столицы был устроен смотр окружавшим царя людям. Среди них были и представители духовенства, и бояре, и окольничие, и стольники, и городовые дворяне, и казаки, и стрельцы. Общее число их было столь велико, что в официальных грамотах все стали называться собором. Теперь Михаилу и Марфе были не страшны рати ополченцев. У них была своя хорошая защита.
Возможно, в Москве стали известны опасения Марфы Ивановны относительно Д. Т. Трубецкого и Д. М. Пожарского. Поэтому бояре посоветовали полководцам написать царю грамоту, в которой униженного попросить разрешения встретить его. Те так и сделали. Черновик их грамоты показывает, как долго заслуженные воеводы не могли найти нужных слов для обращения к Михаилу. Возможно, в глубине души они возмущались, что должны унижаться перед шестнадцатилетним юнцом, не имевшим никаких личных заслуг перед страной. Но они знали, что в сложившейся ситуации только этот молодой человек был способен вывести страну из кризиса, примирив всех врагов и соперников.
Торжественный въезд в Москву был назначен на 2 мая. Но первая встреча произошла раньше — в шатрах у стен города. Туда для Михаила привезли парадную одежду, красиво убранного коня. Правда, все это было не столь роскошным, как в прежние времена. Для Марфы Ивановны доставили закрытую карету. Ее одеяние осталось традиционно черным.
Утром 2 мая все участники церемонии облачились в лучшие одежды и в традиционном порядке направились к Сретенским воротам. Там их уже ждали тысячи москвичей. У многих в руках были кресты и иконы. При виде Михаила они падали на колени и, воздев руки к небу, произносили хвалу Богу, даровавшего им такого юного, красивого и благородного царя. Действительно, в парчовой одежде и царской короне Михаил выглядел великолепно. Его лицо с правильными чертами было немного грустно и бледно. Лишь слабая улыбка едва трогала губы, когда он кланялся направо и налево своим подданным. Этого требовал обычай. Марфа Ивановна же в своей закрытой повозке обливалась слезами. Будущее очень ее страшило. Сидящая рядом сестра, как могла, утешала. Ведь они ехали не в тюрьму, не в ссылку, а в царский дворец.
Рядом с сыном-царем