Довольно скоро лжецарь избавился от некоторых несимпатичных лиц, отправив их на воеводство. В Казань получили назначение боярин С. А. Волошский и М. С. Туренин, в Тобольск — князь Р. Ф. Троекуров, где уже были Н. В. Годунов и А. И. Вельяминов. На Верхотурье оказался окольничий С. С. Годунов, в Пелыме — И. М. Годунов, в Туринске — И. Н. Годунов, в Берёзове — князь П. А. Черкасский, в Сургуте — князь И. Ф. Жировой-Засекин, в Таре — князь С. И. Гагарин. В поволжских городах место Нагих и Головиных заняли родственники царя Бориса: в Свияжске — окольничий Я. М. Годунов и думный дворянин В. Б. Сукин, в Ядрине — Н. Д. Вельяминов, в Чебоксарах — Г. И. Вельяминов, в Цивильске — А. И. Вельяминов, в Курмыше — Я. А. Вельяминов, Кузьмодемьянске — З. И. Сабуров (он был одним из главных местников в царской армии под Кромами), в Санчурске — Ф. Т. Вельяминов, в Царёве-Кокшайске — Т. Г. Вельяминов, на Тетюшах — А. П. Вельяминов, в Самаре — Б. А. Вельяминов. Подальше от двора были отосланы и видные воеводы Бориса: М. П. Катырев, М. Ф. Кашин, В.П, Морозов, Л. О. Щербатый, М. Г. Салтыков. В Астрахани оказался И. Д. Хворостинин, Ф. П. Барятинский — в Иван-городе, Б. М. Сабуров — в Цареве-Борисове.
По-новому стал называться и Освященный собор — Совет духовенства. Его возглавил патриарх Игнатий. Но пока Лжедмитрий не стал особо вмешиваться в духовные дела, боясь разочаровать православных верующих. Чтобы окончательно закрепиться на московском троне, самозванец начал спешную подготовку к венчанию на царство, хотя некоторые советовали отложить его до нового года, т. е. до 1 сентября.
Население страны продолжали приводить к присяге новому царю. Однако далеко не все верили в его истинность. Больше всех негодовал князь В. И. Шуйский, лично принимавший участие в похоронах настоящего царевича Дмитрия, погибшего в 1591 году в Угличе. Имея торговые связи с посадским населением Москвы, он начал убеждать всех в том, что престол захватил авантюрист и самозванец. Вероятно, князь действовал очень неосторожно, поэтому о его крамольных речах стало известно П. Ф. Басманову. Желая выслужиться, тот сразу донес о заговоре лжецарю. Для Гришки, уже вошедшего в роль государя, это известие стало полной неожиданностью. Он мог подозревать кого угодно в измене, но не Шуйских, которых поставил в своем правительстве на одно из самых видных мест. К тому же разоблачение со стороны столь знатных и всем известных бояр было для него опасным.
Но самозванец решил до конца играть роль доброго государя, поэтому поручил боярам самим разбираться с крамольниками. В итоге по решению суда Шуйский и его сторонники были схвачены, допрошены и признаны виновными по всем статьям. На 25 июня была назначена казнь. Хотя Лжедмитрий не включил себя в число судей, но в допросе обвиняемых все же принял участие й с большим искусством изобличил их во лжи и навете. Все присутствующие были изумлены логикой его ума.
Следует отметить, что дискутировать с теми, над кем уже занес топор палач, было не так уж сложно. Правда после всех разбирательств казнили только простолюдинов. В. И. Шуйский был помилован и вместе с братьями сослан в Галичскую волость. Лжедмитрий не захотел обагрять свои руки кровью одного из самых знатных князей. Это произвело бы самое отрицательное впечатление на русскую и польскую общественность. Источники, правда, утверждали, что это решение он принял не сам, а по совету не то поляков, не то русских бояр. Называли даже имя его мнимой матери Марфы Нагой, но ее в то время еще не было в столице. Возможно, позднее именно она уговорила «сына» поскорее помиловать знатных князей и вернуть их ко двору. (В ссылке Шуйские пробыли совсем недолго.)
После неприятного инцидента с разоблачением Лжедмитрию срочно требовался самый важный свидетель — мнимая мать, которая должна была публично подтвердить его истинность. Несомненно, что к находящейся в монастыре Марфе уже не раз ездили посланцы «сына». Ведь в случае ее отказа поддержать самозванческую авантюру все дело тут же бы провалилось. Удрученная своим тяжелым положением, бывшая царица была рада поменять убогий монастырь на Кремль. К тому Же она знала, что все ее родственники уже стали одними из самых видных бояр, а брат — конюшим. Разрушать общее благополучие ради никому не нужной правды не стоило.