Царь Федор, до этого казавшийся мягким и податливым человеком, внезапно показал себя подлинным сыном грозного отца. Он не потерпел вмешательства подданных в свои семейные дела. До этого он отказывался слушаться даже отца, царя Ивана Васильевича, советовавшего ему подыскать более подходящую жену. На головы «главных заводчиков» «рукописания» обрушились репрессии. Дионисия лишили сана и отправили в новгородский Хутынский монастырь. В отдаленном Антониевом монастыре оказался и Варлаам. Ивана Петровича сначала сослали в вотчину, село Лопатничи, потом вынудили постричься в Кирилло-Белозерский монастырь. Андрея Ивановича сначала также отправили в вотчину, потом — в каргопольскую тюрьму. По темницам были разосланы и их сторонники: Татевы, Колычевы, Быкасовы и др. Самое жестокое наказание ждало посадских людей и купцов — на Пожаре (Красной площади) им публично отрубили головы. Их вмешательство в личные дела царя было расценено как особенно крамольное и возмутительное.
Хотя Василий Иванович не участвовал в выступлении родственников, но он понес наказание — вместе с младшими братьями был сослан в Галич под надзор пристава А. В. Замыцкого. В 1589 году «главные крамольники» умерли: Иван Петрович — 10 апреля, Андрей Иванович — 8 мая. Если относительно престарелого Ивана Петровича можно предположить, что он умер своей смертью, то молодой Андрей Иванович, скорее всего, был убит. После этого остальные Шуйские вскоре были прощены.
Следует отметить, что в сочинениях, написанных после воцарения Василия Шуйского, все эти события представлены в иной интерпретации. В «Повести о Гришке Отрепьеве», «Повести како отмсти» и ее редакции «Повести како восхити» Шуйские — невинные страдальцы от злобных происков Бориса Годунова. Когда москвичи, недовольные Борисом, решили побить того камнями, он испугался и решил публично помириться с Иваном Петровичем и Василием Ивановичем (как известно, последнего даже не было в Москве). В присутствии митрополита Годунов уверил всех, что хочет иметь с Шуйскими сердечную дружбу. Удовлетворенный народ разошелся, а князья поехали в свои вотчины. Однако вслед за ними были отправлены приставы, которые их схватили и отправили в тюрьмы. Эта версия, несомненно, была выдумана сторонниками царя Василия, поскольку без вины не наказывал даже грозный Иван IV. В поздних памятниках, Новом и Пискаревском летописцах, версия про Шуйских обросла всевозможными домыслами и выдуманными дополнениями, но главная причина конфликта между Шуйскими и Годуновыми в них также не была названа. Истину раскрывает только Хронограф 1617 года, созданный при Михаиле Романове.
Опала не слишком испортила карьеру В. И. Шуйского. После смерти всеми почитаемого Ивана Петровича он стал старшим в роду. Вскоре ему представился случай реабилитироваться в глазах царской семьи. 15 мая 1591 года в Угличе произошла трагедия. Погиб сын Ивана Грозного и его последней жены Марии Нагой царевич Дмитрий, которому было около 9 лет. Слухи об обстоятельствах его смерти были настолько противоречивыми, что царь Федор Иванович повелел создать следственную комиссию, которая должна была разобраться в этом деле. Во главе ее были назначены митрополит Крутицкий Геласий и боярин В. И. Шуйский. Назначение Василия, недавно вернувшегося из ссылки, было тактическим ходом правительства Годуновых. Оно должно было убедить общественность в объективности будущего расследования. В состав комиссии вошли также окольничий А. П. Клешнин, бывший дядька царя и тесть Г. Ф. Нагого, и дьяк Елизарий Вылузгин, курировавший территорию бывшего Углического княжества.
Получив назначение, Василий Иванович стал действовать быстро и энергично. Уже вечером 19 мая он прибыл в Углич, имея представление о том, что следует расследовать (по дороге он выяснил некоторые обстоятельства происшедшего у встречавших его угличан). Поэтому уже утром допрашиваемым задавали также вопросы: «Которым образом царевича не стало и что за болезнь была у него? Почему были убиты государевы люди во главе с дьяком М. Битя-говским? Для чего на убитых клали вымазанное куриной кровью оружие? Против кого Нагие призывали угличан к восстанию?» Данные вопросы свидетельствовали о том, что князь Василий уже понял суть произошедших в Угличе событий. Ответы свидетелей должны были обличить Нагих в организации восстания против государевых людей и, значит, против царской власти.