В марте 1584 года царь Иван Грозный умер. На престол взошел его сын Федор Иванович. Во дворце сразу же начались широкомасштабные перемены. Прежние царские любимцы, такие, как Б. Я. Бельский, А. Ф. Нагой и др., были отправлены подальше от двора. Главное место заняли родственники царицы Ирины — Годуновы. Однако среди них нашлось место и для князей Шуйских. Василий Иванович был поставлен во главе Московского судного приказа и стал главным судьей страны. Его брат Андрей в 1585 году получил боярство и по-прежнему был первым воеводой полка Правой руки, правда, Большой полк в это время возглавляли то Б. К. Черкасский, женатый на двоюродной сестре царя Марфе Никитичне, то Ф. И. Мстиславский. Д. И. Шуйский стал кравчим. Эту должность он получил, видимо, потому, что стал свояком царского шурина Б. Ф. Годунова, женившись на сестре жены Бориса Екатерине Григорьевне Скуратовой-Бельской, дочери знаменитого Малюты. Царским рындой стал младший Шуйский, Иван Иванович, прозванный Пуговкой, — «у большого саадака», Александр носил чин московского дворянина.
Но Василию Ивановичу удалось не слишком долго продержаться в судьях. В апреле 1585 года он был отправлен первым воеводой Смоленска. Это назначение было почетным, но удаляло князя от двора. Возможно, честолюбивые Годуновы не захотели терпеть соперничество князей Шуйских в Боярской думе. Ведь там их оказалось пятеро. Самым старшим считался В. Ф. Скопин-Шуйский. За оборону Пскова он получил в кормление Каргополь. Его родственник И. П. Шуйский также был возвышен — ему была дана в кормление часть Пскова. Росписи полков Береговой службы от 1585 года свидетельствуют о достаточно высоком положении Андрея Ивановича. Он постоянно во главе второго по значимости полка Правой руки. М. П. Катыреву, попытавшемуся было с ним местничать, царь указал «не дуровать».
В конце этого же 1585 года царь Федор Иванович запланировал поход против шведского короля. По его росписи Андрей Иванович должен был войти в состав Дворового полка вместе с В. Ф. Скопиным-Шуйским. Полк Правой руки должен был возглавлять И. П. Шуйский, кравчим следовало быть Д. И. Шуйскому. Как видим, сразу четверо князей Шуйских оказались около царя. Их положение не ниже царских родственников Годуновых. Однако в следующем году И. П. Шуйский был отправлен наместником в Псков. Для прославленного воеводы это явное понижение. Его место в Думе занял ДИ. Шуйский, получивший боярский чин. Главную роль в его возвышении, видимо, играло родство с Б. Ф. Годуновым.
Князья Шуйские как наиболее знатные Рюриковичи всегда привлекали внимание иностранцев, которые в своих донесениях на родину так их характеризовали: «Василий Иванович почитается умнее своих однофамильцев, а князь Андрей почитается за человека чрезвычайно умного. В. Ф. Скопин-Шуйский более знатен, чем способен для советов. И. П. Шуйский — человек с большими достоинствами и заслугами». Росписи царских пиров в первые годы правления Федора Ивановича свидетельствуют об упорном стремлении князей Шуйских занять место выше Годуновых, поскольку по знатности они превосходили царских родственников по всем статьям. Престарелому и заслуженному полководцу И. П. Шуйскому удавалось подняться выше Дмитрия Ивановича и Бориса Федоровича Годуновых. Андрей Иванович считался выше Степана Васильевича и Григория Васильевича Годуновых. В этот спор Василию Ивановичу не удалось вступить, поскольку он на несколько лет (до 1587 года) был отправлен воеводой Смоленска. Естественно, что затянувшееся соперничество не могло закончиться мирно для обеих сторон. Знатные и честолюбивые князья решили нанести удар первыми, полагая, что их поддержит все остальное родовитое дворянство. Поводом послужило «неплодие» царицы Ирины. Следует отметить, что Ирина не была бесплодной женщиной, но ее дети умирали во время родов. Причиной могло быть отсутствие квалифицированной медицинской помощи.
Осенью 1586 года Иван Петрович и Андрей Иванович Шуйские начали широкомасштабную кампанию против царицы. На свою сторону им удалось привлечь самого митрополита Дионисия, крутицкого архиепископа Варлаама и посадское население столицы. Совместно было составлено «рукописание» — грамота, в которой излагалось требование к царю развестись с «неплодной женой чадородия ради». Выступление объяснялось заботой о благе государства и продолжении царского рода, не имеющего наследника. В этой акции ни Василий, ни Дмитрий, ни младшие, Александр и Иван, участия не приняли. Первый не был в Москве, а остальные братья, видимо, побоялись выступать против всесильных Годуновых. Парадокс требований Шуйских состоял в том, что сами они не имели наследников мужского пола. Аналогичным было положение и у Ф. И. Мстиславского, и у Б. Ф. Годунова (в то время), и у многих других представителей знати.