Настольная грамота, которую Алексей получил от патриарха, определяла положение русского митрополита перед патриаршим престолом весьма подробно и с обдуманной отчетливостью. Эта грамота, знаменитая в русско-византийских церковных отношениях, подчеркивает прежде всего обширность и многолюдность митрополии Киевской и всея Руси; управление этой митрополией особо важная задача для константинопольской церковной власти, и потому эта власть поставляла туда, в прежнее время, надежных и доверенных людей из среды византийских клириков, избирая после тщательных испытаний таких, кто не только отличался добродетелью и силой слова, но был и сведущ как в церковных канонах, так и в гражданских законах. Поэтому патриаршая грамота оговаривает, что поставление Алексея – дело исключительное, объясняемое его личными особыми достоинствами, хорошей подготовкой и единодушным свидетельством в его пользу как греков, так и русских, начиная с митр. Феогноста и великих князей Симеона и Ивана, но не должно служить прецедентом на будущее время, а, напротив, впредь патриаршая власть не допускает и не дозволяет поставления на русскую митрополию русского уроженца. Грамота подчеркивает, что такая исключительная уступка – дело совершенно необычное и даже не вполне безопасное для церкви, а потому указывает и меры, исполнение коих должно обеспечить бдительный надзор Константинопольской церкви за деятельностью митр. Алексея и руководство ею. Патриарх предписывает Алексею приезжать в Константинополь через каждые два года или хотя бы присылать надежного представителя из клириков своей митрополии для получения авторитетных указаний по всем важнейшим очередным церковным вопросам. Вся грамота проникнута опасением излишней самостоятельности митрополита, который не вышел из среды константинопольского клира, не связан с ним воспитанием и прочной традицией. Перспектива прочной национализации русской церковной иерархии, несомненно, встревожила патриаршую власть. Это понятно. В Константинополе должны были знать, что русская митрополия ступает на путь превращения в опору местной светской власти и подчинения ей, а патриарх должен был стремиться к тому, чтобы русский митрополит был прежде всего представителем власти и авторитета его, патриарха, и состоявшего при нем освященного собора, служителем Греко-восточной церкви, возглавляемой по византийской традиции константинопольским патриархом, а не русской политики.
Отношения между митр. Алексеем и патриархатом сложились далеко не в духе настольной грамоты. После поставления своего он только дважды ездил в Константинополь, да и послов своих посылал, по-видимому, только в такие моменты, когда испытывал необходимость отразить подготовленный врагами удар или опереться на патриарший авторитет. А такая опора была ему необходима для утверждения силы и значения северной митрополии.
Нараставшее раздражение против окрепшей Москвы и ее властных притязаний неизбежно отражалось и на церковных отношениях при митрополитах, союзниках и сотрудниках московской политики, особенно же при митрополите, ставленнике великого князя, вышедшем на митрополию из московской боярской среды, чтобы взять в свои руки общую политику великокняжеской власти. А митр. Алексей формально закрепил связь митрополии с великорусским великим княжеством, выхлопотав постановление о перенесении резиденции митрополита из Киева во Владимир182. Русская митрополия осталась при этом
Не будет преувеличением сказать, что вопрос этот стал перед митрополитом Алексеем во всем объеме, по-видимому, еще во время его первого пребывания в Константинополе.