В феврале 1775 г. прошел Конгресс провинции Массачусетс. Его делегаты открыто заявили о плане вооруженной борьбы против метрополии. В апреле того же года 4 тысячи колонистов атаковали британских солдат в Конкорде – пригороде Бостона, после чего, как и спланировал Конгресс, в Массачусетсе стали формироваться отряды народного ополчения, готовившиеся к более серьезным битвам.
Томас Джефферсон, Джон Адамс, Джеймс Вильсон и Александер Гамильтон написали политические трактаты, где подвергли сомнению право британского парламента диктовать свою волю американским колониям. Однако к борьбе за независимость они не призывали. Это сделал Томас Пейн, которого Франклин, будучи в Англии, отправил в ноябре 1774 г. в Филадельфию, чтобы он помогал ему выпускать журнал
В декабре 1775 г. Пейн написал памфлет
В последующие месяцы в колониях наметился раскол. Провинции Новой Англии и Виргиния (а у масонов там были наиболее прочные позиции) решили пойти на риск и бросить Британии открытый вызов. А вот южные колонии не решались рвать с метрополией: богатые землевладельцы опасались, что без поддержки английских войск им не справиться с возможными набегами индейцев и бунтами чернокожих рабов. Конгресс призвал лидеров освободительного движения в колониях к созданию собственных правительств, с тем чтобы провинции превратились в штаты. Наступил момент, когда окончательный разрыв с Великобританией стал неминуем. В июне 1776 г. был сформирован специальный комитет, который должен был выработать правовые основы такого решения. Членами этого комитета стали франкмасоны Франклин и Джефферсон, принимавшие участие в работе Второго континентального конгресса в мае 1775 г., а также другие видные политические фигуры: Джон Адамс, Роджер Шерман и Роберт Ливингстоун.
На Франклина и Адамса произвела большое впечатление яркая личность Джефферсона. Они сразу поняли, что этот сравнительно молодой человек (ему было тогда всего тридцать три года) талантлив во всем. Они доверили ему важнейшее дело: Джефферсон стал главным автором знаменитой Декларации независимости. Причем он написал этот программный документ всего за две недели, работая в гостиной дома, в котором квартировал. Дом принадлежал каменщику Якобу Граффу, перебравшемуся в Америку из Германии. Хотя Джефферсон писал официальный государственный документ, он постарался выразить в нем американский образ мышления и представить его «на суд человечества». Он провозгласил избавление 13 колоний от британского владычества и впервые официально заявил от имени общественно-политического объединения о его праве на самоуправление, на создание собственных органов власти. Отталкиваясь от политических теорий деистов-просветителей XVIII столетия, Джефферсон поставил во главу угла «естественные права» человека и концепцию «правления на контрактной основе», выработанную Локком и Руссо. Континентальный конгресс признал, что английский король Георг III нарушает условия «контракта» и поэтому колонии имеют полное право и даже просто обязаны совершить революцию. Джефферсон назвал самоочевидными истинами всеобщее равенство людей, их неотъемлемые права на свободу и достойную жизнь, а также право сменить власть, если она не выражает их интересы и становится деспотичной. В контексте той эпохи политическое мышление Джефферсона было в высшей степени новаторским.
Франклин и Адамс внесли в текст Декларации независимости некоторые изменения, но не существенные, а Конгресс убрал из него фразы, где Джефферсон осуждал рабство и работорговлю. Делегаты опасались, что представители южных штатов не разделят позицию северян и не поставят под Декларацией свои подписи.