В действительности Гучков оказался прав: в скором времени была проведена реформа военного управления, заметно ослабившая позиции членов августейшей фамилии. Схожий случай имел место и впоследствии, в марте 1909 года, когда лидер октябристов выступил в Думе с критикой командного состава армии. Присутствовавший на заседании военный министр А. Ф. Редигер не стал возражать Гучкову, что вызвало возмущение императора, а затем и отставку главы ведомства.
Все нити руководства думской комиссией по государственной обороне в 1907–1910 годах были в руках Гучкова, ее председателя. Это зачастую вызывало раздражение депутатов. И все же именно благодаря политическому весу Гучкова комиссия приобрела особое значение в Таврическом дворце. Характерен случай, когда в феврале 1911 года министр иностранных дел С. Д. Сазонов не смог выступить на пленарном заседании Думы, так как это могло помешать его переговорам с немецкими дипломатами. В итоге Сазонов договорился с Гучковым огласить свою позицию в комиссии, находившейся под особым покровительством лидера октябристов.
Гучков не стеснялся вмешиваться в дела Военного министерства, зачастую встречая понимание со стороны его руководства. В конце 1908 года он требовал от Редигера изменить руководящий состав ведомства (об этом говорил и П. А. Столыпину). Министр предоставлял Гучкову сведения об обороноспособности страны, жаловался на Совет по государственной обороне, где тон задавали великие князья, не слишком компетентные в военном деле. По словам лидера октябристов, это в итоге и подвигло его к выступлению в Думе. По мнению члена Александровского комитета о раненых А. В. Олсуфьева, речь Гучкова с критикой великих князей была напрямую санкционирована Редигером, который и в этом случае снабжал депутата всеми необходимыми справками.
Представители Военного министерства, чувствуя себя не вполне уверенно в думских кулуарах, обращались за помощью все к тому же Гучкову. Так, 16 декабря 1910 года в Министерском павильоне Таврического дворца он консультировал военного министра В. А. Сухомлинова и его помощника А. А. Поливанова относительно характера предстоявшего думского обсуждения кредитов Военному министерству. Доверительные отношения депутатов с министрами способствовали расширению компетенции народных представителей. Так, например, чиновники Военного министерства вводили депутатов в курс дел, которые не подлежали обсуждению законодательного собрания.
У Гучкова сложились товарищеские отношения с А. А. Поливановым. По словам Н. Н. Любавина, лидер октябристов «благодаря Поливанову получил необычайное влияние в военном ведомстве. Ему все показывают, с ним советуются при назначении людей на места». Впрочем, такие контакты были выгодны не только Гучкову, который щедро делился с помощником министра имевшейся у него информацией. Он сообщал Поливанову сведения, которые приходили к нему с окраин империи (например, с Кавказа). 13 марта 1908 года А. И. Гучков и А. И. Звегинцев приехали к помощнику министра передать список вопросов, интересовавших бюджетную комиссию, которые с неизбежностью должны были возникнуть на ее заседании. Гучков регулярно информировал Поливанова о ходе законотворческих работ. 16 февраля 1912 года помощник министра вел переговоры с октябристами о чрезвычайных кредитах Военному министерству. В этой связи Гучков обещал переговорить со «всемогущим» М. М. Алексеенко и тем самым обеспечить решение, благоприятное для военных.
Он же вел переговоры с П. А. Столыпиным и В. Н. Коковцовым о кредитах Военному министерству, фактически представляя интересы последнего. 18 июня 1910 года Гучков писал А. А. Поливанову: