В 1896 году Струве как один из лидеров российских социал-демократов участвовал в работе IV Конгресса II Интернационала в Лондоне. Год спустя он начал издавать свой первый журнал «Новое слово». Он и М. И. Туган-Барановский стали редакторами этого издания. Журнал создавался как орган социал-демократической мысли. В нем публиковались статьи Ю. О. Мартова, Г. В. Плеханова, В. И. Ульянова, В. И. Засулич, Е. В. Тарле и других. Тогда же, в 1897–1901 годах, Струве редактировал книжную серию «Образовательной библиотеки», в рамках которой был издан новый перевод первого тома «Капитала» К. Маркса. Именно Струве написал манифест для I съезда РСДРП, состоявшегося в Минске в марте 1898 года.
Волею судеб Струве стал «партийным» лидером, будучи слишком противоречивой фигурой для этой роли. Н. К. Крупская вспоминала, как ее удивил Струве, отдыхавший в кресле с томиком стихов А. А. Фета, «стилистически» расходившегося с передовой общественностью. В письмах А. Н. Потресову Струве делился своими впечатлениями от понравившейся ему поэзии Федора Сологуба, что вызвало порицание друга и соратника. Примерно тогда же Струве признавался, что считал издание князя В. П. Мещерского «Гражданин» «самым радикальным русским органом» и высоко его по той причине ценил.
В Струве смущала сложность, смелость быть собой. Самого же Струве поражал догматизм «однопартийцев». Он настаивал на развитии социал-демократической концепции в соответствии с движением научной мысли.
Повторять вещи, ставшие фразами и, в сущности, ложью, практически вполне безопасно — общественную эволюцию не оболжешь. Но нравственно это противно; это не мирится с теоретической совестью. Ради нее и во имя нее необходима борьба с ортодоксальным марксизмом, необходима критика или, вернее, самокритика марксизма. Потребность теоретической совести в этой критике чрезвычайно велика.
В 1899 году Струве приступил к изданию нового журнала — «Начало». Он все более отступал от традиционной марксистской догмы. Так, Струве поставил под сомнение возможность классовой борьбы в Западной Европе, так как единое культурное пространство представляло собой цельную систему, во многом сглаживавшую остроту социальных противоречий. Впрочем, отнюдь не только ортодоксальные марксисты были недовольны направлением издания. 22 июня 1899 года журнал «Начало» был закрыт властями.
«Ортодоксия тускла и не может не быть тускла», — признавался Струве. Переосмысливая интеллектуальный опыт марксизма, он постепенно отказывался от многих его теоретических построений. Подверг беспощадной критике положение о неизбежности обнищания пролетариата, ставил под сомнение будущее обострение социальных противоречий и, более того, доказывал неубедительность марксистской теории стоимости.
В марте 1901 года Струве вернулся в Петербург и неожиданно оказался в самой гуще общественной жизни. Уже 4 марта он принял участие в студенческой манифестации у стен Казанского собора, после чего был арестован и отправлен на год в ссылку. В качестве места жительства он выбрал Тверь. Сотрудничество с нарождавшейся социал-демократической «Искрой» не могло быть продолжено. Струве ограничился лишь публикацией статьи «Самодержавие и земство», посвященной записке С. Ю. Витте, в которой доказывалась несовместимость неограниченной власти царя и местного самоуправления. В сущности, этот текст писал уже либеральный публицист.