Однако у музея с таким профилем были явные противники, основным из которых уже в 1940-е годы проявило себя Главное управление по делам архитектуры при Совмине СССР. Начальник управления В. Шквариков в октябре 1949 года обращался к председателю Совмина РСФСР с просьбой или изменить уже наметившийся профиль музея по собиранию и изучению памятников древнерусского искусства, или передать музей в ведение комитета по делам искусств и Академию художеств. Подобная просьба повторилась и в октябре 1951 года, где отмечалось, «что дальнейшее сохранение музея Андрея Рублёва является неоправданным»[24]
. Позиция руководства управления по делам архитектуры продолжала оставаться неизменной на протяжении всего периода 1950-х годов, вплоть до передачи музея в ведение органов культуры в 1957 году. На протяжении всего указанного периода руководство управления всячески ограничивало его развитие в данном направлении.Директор музея имени Андрея Рублёва, назначенный на эту должность «сверху», оказался, однако, убежденным сторонником последней концепции. Давид Ильич Арсенишвили вступил в эту должность в 1949 году и уже в начале декабря обратился с личным письмом к президенту АН СССР академику С.И. Вавилову, где, ссылаясь на проект положения о музее, писал: «Музей обязан вести работу кроме изучения, собирания и популяризации произведений древнерусского искусства, но и работу по обобщению сложнейших вопросов реставрации памятников монументальной фресковой живописи и популяризации этого ценного дела». Таким образом, Д.И. Арсенишвили предполагал широкую научно-исследовательскую перспективу в работе музея. В конце письма он просил ходатайства со стороны академика и АН СССР по передаче музея в ведомство академии[25]
.Позиция Д.И. Арсенишвили укрепилась, когда на работу в МиАР в 1950 году пришла специалист в области истории отечественного средневекового искусства Н.А. Дёмина, работавшая ранее хранителем в Государственной Третьяковской галерее. Она стала сподвижником и единомышленником директора.
Положение о государственном историко-архитектурном заповеднике «Андроников монастырь», разработанное комитетом по делам архитектуры в 1950 году, в основном, отражало историко-архитектурные аспекты работы формирующегося музея, за исключением отдельного пункта, отражающего задачи «обобщения опыта и музейного показа примеров реставрации памятников древней монументальной живописи…».