Штат музея первоначально был утвержден в 5,5 единиц: заведующий музеем, научный сотрудник, хранитель музея, комендант, половина ставки бухгалтера и уборщица. В 1951 году штатная единица уборщицы была сокращена Управлением по делам архитектуры на половину, хотя обслуживание и охрана помещения собора требовали наоборот увеличения штата. Согласно Положению музей не располагал еще, предназначенным для него, зданием белокаменного собора, занятого в то время (т. е. в 1949–1950 гг.). Музейная территория располагалась буквально в углу трапезной палаты, находящейся в распоряжении Центральной проектно-реставрационной мастерской. У музея отсутствовала какая-либо возможность хранить подлинные экспонаты, художественные фотографии большого формата снятые с произведений А. Рублёва и мастеров его круга. В то же время они были необходимы и для будущей передвижной выставки.
Большое значение в жизни молодого музея имела и выставочная работа. Одной из первых значимых выставок, стало мероприятие такого рода, организованное сотрудниками в 1954 году. Здесь было представлено 12 цветных документальных копий с древних фресок XI–XV веков, 13 гипсовых слепков с белокаменной резьбы Владимиро-Суздальских храмов XII–XIII веков и 250 фото с фресок станковой живописи и миниатюр. Девять копий были представлены для выставки музеем русской архитектуры СССР и высшим художественно-промышленным училищем (бывшим Строгановским).
Кроме того, 116 фотографий были сделаны с фресок, станковой живописи и миниатюр, выполненных А. Рублёвым и его «со
другами». Эти произведения только в фотографиях были собраны воедино и сопоставлены друг с другом, что было очень важно для изучения индивидуальной манеры Рублёва и мастеров его круга. На выставке были представлены фото с фресок Успенского собора во Владимире, написанных Рублёвым и Даниилом Чёрным в 1408 году. Они были сделаны при съёмке иконостаса (и отдельных икон) того же собора, хранящихся в Государственной Третьяковской галерее и в Русском музее (Ленинград). Туда же были включены фотографии, снятые с образов иконостаса Благовещенского собора Московского Кремля, выполненных Андреем Рублёвым совместно с Феофаном Греком и Прохором с Городца в 1405 году, с иконостаса Троицкого собора Сергиева Посада, написанного Рублёвым, Даниилом Чёрным и их соратниками в 20-е годы XV века. Туда же включили фотографии миниатюр Евангелия «Хитрово» начала XV столетия и Евангелия Андроникова монастыря того же времени. Искусство Андрея Рублёва и его школы было представлено на фоне высочайших достижений художественной культуры предшествовавшего времени. Здесь были показаны копии мозаик и фресок храма Святой Софии Киевской, образцы фресковой живописи Новгорода, а также скульптура, архитектура и фрески древнего Владимира – стольного града Владимиро-Суздальской земли, где Рублёв писал в 1408 году и должен был видеть памятники периода до монгольского нашествия. Это не могло не отразиться на творчестве великого мастера, не вдохновить самого Рублёва и его «содругов». Музей приобрел также 132 фотографии в рамах под стеклом, подготовленных для выставки, 50 фото меньшего размера с деталями живописи мастеров круга великого иконописца, 30 фото с изображением памятников архитектуры, временно не вошедших в экспозицию за недостатком места. Однако в дальнейшем этот материал был использован в выставочной работе. Передвижная выставка, подготовленная к 30 июля 1954 года, официально не была открыта, т. к. находилась в стадии апробации. Но она всё же «работала», её посещали и знали многие специалисты, она получила известность. Эта работа молодого коллектива музейных сотрудников, «оценивалась научной и художественной общественностью весьма положительно». В частности, оставили отзывы: член-корреспондент Академии художеств СССР, профессор Михаил Владимирович Алпатов (который с 1950 года следил за деятельностью музея и организацией выставки), член-корреспондент Академии наук СССР, профессор Виктор Никитич Лазарев, член-корреспондент Академии наук Михаил Николаевич Тихомиров.Выставку посетил и президент Академии художеств СССР Алексей Михайлович Герасимов, который приветствовал начинания музея, и выразил пожелание, чтобы музей был передан в ведение Министерства культуры СССР, в системе которого он смог бы «получить более благоприятные условия для своего развития». Было отмечено, что выставка из копий и фотографии делалась с целью широкой популяризации творчества Андрея Рублёва и других мастеров древнерусского монументального искусства не только в Москве, но и в других городах. Она также «могла послужить основой для изданий альбомов, посвященных творчеству Рублёва».