Все время, пока Софья жила в Кремле, она боялась пожаров: переживала, как бы не сгорели древние рукописи. По наследству бесценная либерея досталась внуку Софьи Палеолог — царю Ивану Васильевичу Грозному. Он помнил ее заповедь, что книги надо беречь от пожара, и прятал библиотеку в специальном каменном подземелье.
Манускрипты из нее видели несколько иностранцев. Особенно ценное свидетельство оставил пастор Веттерман из Дерпта, о чем стало известно из «Хроники Франца Ниенштедта». Сопровождавший в 1565 году пленных дерптцев в окраинные русские города Владимир, Нижний Новгород, Кострому, Углич пастор владел многими языками, и царь Иван Грозный хотел поручить ему перевод некоторых рукописей из своей библиотеки на русский язык. Дерптский пастор был поражен богатством рукописей, среди которых были Вергилиевы «Итхифалеика» и «Энеида», поэмы и оратории Кальвуса, Цезаревы записки о Галльской войне, кодексы Феодосия и Юстиниана, творения Аристофана и Полибия, эротический роман «Эфиопика», произведения Тацита, «Истории» Светония, Цицероновы сочинения «О государстве», «О законах», бывшие у Грозного в полном виде (до нас они дошли частично), и другие рукописи, имевшиеся в единственном экземпляре. Для перевода рукописей потребовалось бы много времени. Кроме того, пастор боялся, и не без основания, что грозный царь после перевода книг может замуровать его где-нибудь в подземелье. Однако, по его свидетельству, он готов был «оставить под залог собственных детей», дабы иметь возможность взять с собой хотя бы некоторые рукописи из либереи и показать их ученым в университетах Европы. Но Иван Грозный доверия иностранцу не выказал: были случаи, когда европейские светила науки не возвращали бесценные книги.
Видел либерею, составил опись царской библиотеки и перевел на русский язык одну из книг — «Толковую псалтирь» публицист и писатель Максим Грек, вызванный еще отцом Ивана Грозного с Афона из Ватопедского монастыря.
После смерти Ивана Грозного о либерее долгое время не было никаких упоминаний. Это наводило историков на предположение, что все погибло во время московского пожара 1571 года, когда город выгорел почти дотла. Каменные дома и церкви от жара трескались, оседали и рассыпались, все выгорело даже в погребах. От пожара пострадал и Кремль.
Некоторые исследователи считали, что либерея исчезла позже: во время польского нашествия в 1612 году. Оказывается, в осаде за стенами Московского Кремля шляхтичи мучились от жестокого голода. В поисках пищи они обшарили все кремлевские подземелья. Возможно, в одном из тайников они обнаружили хранилище древних византийских пергаментов и… съели их!
Современник свидетельствовал: «Трудно описать, что тогда делалось. Осажденные переели лошадей, кошек, мышей, грызли разваренную кожу с обуви, с гужей, с подпруг, ножей, поясов, с пергаментных переплетов книг…»
Эту версию (равно как и версию о гибели либереи во время пожара 1571 года) поставил под сомнение любопытный факт, извлеченный из архивных записей историком Иваном Забелиным.
В 1682 году (то есть спустя почти столетие со дня смерти Ивана Грозного и семьдесят лет после польского нашествия) государев дьяк Василий Макарьев, выполняя тайное поручение правительницы Софьи Алексеевны, знавшей о либерее, спустился в подземный тайник под Тайницкой башней. Пробираясь в сторону тайников Успенского собора и минуя их, он вышел к подземному ходу шириной и высотой до 4,5 аршина (около 3x3 м), в котором близ Троицкой башни оказалась закрытая железная дверь с тяжелыми вислыми замками. Над дверью было два оконца с железными решетками. Дьяк, осветив через оконце внутренность камеры фонарем, увидел, что она до кирпичных сводов загружена коваными сундуками.
Макарьеву, человеку, близкому к делам государственным, было известно о пропавшей библиотеке Грозного, состоявшей по описи из 231 сундука, а также короба и ларца. Дьяк понял, что ему удалось найти либерею. Следуя далее по тоннелю, он выбрался из подземелья через тайник под Собакиной башней (ныне Угловой Арсенальной) и рассказал обо всем, что видел, царевне Софье. Она внимательно выслушала дьяка, взяла с него клятву молчать и хранить тайну до смерти.
Рассказ Макарьева о подземном тоннеле, имеющем потайной выход под Тайницкой башней и далее ход, идущий под Москву-реку, навел царевну на мысль, что в случае ее поражения в борьбе с Петром она может воспользоваться подземным ходом и скрыться из Кремля в Замоскворечье у своих стрельцов. Обладая незаурядным умом, Софья понимала, что либерея, спрятанная в подземелье, представляет собой огромную ценность, поэтому в случае победы над братом она будет обладательницей сундуков с манускриптами и книгами, за которыми так охотятся европейские ученые-историки. Царевна, не доверяя дьяку Макарьеву, приказала замуровать вход в тайник, в котором стояли сундуки и короба, с тем чтобы вскрыть его тогда, когда она прочно сядет на царский трон. Но ее мечтам не суждено было осуществиться: вместо царских палат она оказалась в заточении в Новодевичьем монастыре.