В процессе работы было обнаружено много подземных ходов, но одни были разрушены, а другие — замурованы. Щербатову не удалось довести до конца начатое исследование кремлевского подземелья из-за отсутствия средств у казны.
В 1913 году за поиски библиотеки взялся русский археолог Игнатий Яковлевич Стеллецкий, страстно веривший, что ему суждено найти либерею, как некогда Шлиману легендарную Трою. В одном из музеев прибалтийского города Пярну он увидел список профессора Христиана фон Дабелова, опубликованный им в 1822 году. В списке отмечалось, что в либерее Ивана Грозного числилось 800 наименований рукописей и книг.
Рухнули три империи — Германская, Австро-Венгерская и Российская. Образовалось более десятка новых самостоятельных государств. В трех небольших государствах Прибалтики отношение к Советскому Союзу было недружелюбным. Игнатий Стеллецкий не имел больше возможности поехать в Ригу, Пярну или Тарту, чтобы отыскать там первоисточники «Дабелова списка». Но он не оставил своих настойчивых поисков. В начале тридцатых годов Стеллецкий провел несколько археологических раскопок в Кремле, которые вызвали большой интерес.
Еще до недавней разборки фундамента храма Христа Спасителя — в октябре 1933 года — Стеллецкий пытался осмотреть подземные входы близ храма и исследовать тоннель, ведущий в сторону Кремлевского холма. Однако управляющий трестом «Дворецстрой» Линковский запретил осмотр, так как в подземных ходах произошел обвал.
Месяца через два ученому сообщили о разрешении поиска библиотеки в Кремле. Уверенный в том, что она находится в подземном тайнике Кремля, Стеллецкий с энтузиазмом взялся за работу в надежде найти тайник с бесценным сокровищем. Он знал, что под Угловой Арсенальной башней есть подземный тайник и там же был когда-то резервуар для воды, поступавшей из подземного ключа. От тайника был проложен широкий тоннель до Боровицкой башни, который вел далее, к Тайницкой.
Тайники и подземные ходы были сооружены Аристотелем Фиораванти по просьбе Софьи Палеолог; в них она спрятала бесценное культурное сокровище, привезенное из Рима, — манускрипты и книги из библиотеки императоров Византии.
Стеллецкий начал поиски с Угловой Арсенальной башни 1 декабря 1933 года. В середине февраля он нашел ход Макарьева, но именно в этот ответственный момент комендант Кремля Петерсон приказал, прежде чем расчищать замуровку входа в тоннель, вести раскопки подземелья башни до самого основания. Напрасно доказывал Стеллецкий бесполезность этой работы. Неожиданно 24 марта 1934 года в раскопе появилась вода и стала затоплять подземелье. Когда же срочно установили насосы, вода вдруг ушла так же быстро, как и появилась. Для Стеллецкого эта история так и осталась загадкой.
В первых числах ноября, перед самыми Октябрьскими праздниками, поступило распоряжение — работы прекратить и замуровать все раскопы, а Стеллецкому предоставить отпуск и отправить в санаторий.
Когда Стеллецкий вернулся из отпуска, ему сообщили, что раскопки запрещены. И с тех пор, сколько Стеллецкий ни писал заявлений в различные инстанции, сколько ни обивал пороги в наркоматах, его просьбы остались без последствий.
Можно сказать с уверенностью, что появление воды в подземных переходах и лукавство «благодетелей», разрешивших Стеллецкому поиски библиотеки в кремлевском подземелье, чтобы выиграть время и до начала разборки фундамента храма отвлечь его внимание от чертольского подземелья, — звенья одной цепи.
Были историки, которые считали поиски Стеллецкого лишенными смысла, иронично называя его «кладоискателем» и представляя его в кругах, близких к правительственным, шарлатаном. Тем не менее ряд ученых, среди них И. Забелин, Н. Лихачев, А. Соболевский, М. Тихомиров, в разное время высказывали предположение, что либерея Ивана Грозного существовала, что возможно ее обнаружение — целиком или частично и что, по крайней мере, должны оставаться убедительные следы ее существования.
Стеллецкому, по всей вероятности, было неизвестно о существовании скрытого подземного хода, о котором рассказал генерал-майор П. С. Мотинов. За несколько месяцев до смерти он поведал о местонахождении секретного поста, который являлся входом в тоннель, пролегающий между Тайницкой и Угловой Арсенальной башнями. Пост этот был безымянным, в перечне караулов не значился, о нем знали лишь несколько солдат, несших караульную службу, и комендант Кремля Р. А. Петерсон. Перед уходом со службы комендант приказал закрыть безымянный пост и забетонировать вход в подземелье. С тех пор о нем никто не знал, кроме Мотинова… Так случилось, что после дьяка Макарьева и пономаря Осипова никто не побывал в тоннеле. Между тем с помощью современных приборов поиска под землей с наименьшими затратами средств и времени можно отыскать место безымянного поста, через который спуститься в тоннель, добраться до Троицкой башни и далее, идя по следам Василия Макарьева, попытаться найти отсеки в тоннеле, где могут оказаться замурованными сундуки и короба.