В конечном итоге план, уже намеченный, был, по-видимому, сорван Энки, который (случайно, по его утверждениям) позволил обширным косякам рыбы появиться на земле и напитать страждущее человечество. Тогда Энлиль потерял всякое терпение и, приведенный в ярость усмешками богов, которых позабавила уловка перехитрившего его Энки, утвердился в намерении навсегда покончить с человеческим родом. Он связал всех своих собратьев клятвой обрушить на землю потоп.
Вначале Энлиль пожелал, чтобы потоп устроили Нинтур и Энки, поскольку они сотворили человека, но Энки воспротивился этому; потоп был делом самого Энлиля. Затем, несмотря на данную клятву блюсти тайну, Энки ухитряется предупредить Атрахасиса о грозящей опасности, притворившись, что обращается не к нему, а к хижине, в которой тот находился. Атрахасис строит громадную лодку, объяснив старейшинам города, что должен уйти в изгнание из-за раздора между его личным богом — Энки и Энлилем, во владении которого находился Шуруппак, где он жил. Погрузив на судно животных всех родов и видов, взяв на борт семью, он увидел, что погода меняется. Охваченный дурными предчувствиями, он плотно затворяет дверцу, и тут же на землю обрушивается потоп, сметая все на своем пути.
Картина поголовной гибели человечества повергла богов в ужас и уныние. К тому же отсутствие приношений вскоре заставило их страдать от голода. Потоп продолжался семь дней и семь ночей, после чего ураган стих, воды схлынули и корабль Атрахасиса оказался на суше. Исполненный благодарности, он принес жертву — и голодные боги, почуяв благовонный запах, собрались в одном месте, словно мухи.
Только Энлиль остался непреклонен. Завидев корабль, он исполнился возмущения и гневно спросил, каким образом человек смог уцелеть, на что Ану резонно ответил вопросом: кто, как не Энки, способен на подобные штуки?
Энки, нимало не смутившись, пускается в объяснения. Он обвиняет Энлиля в том, что тот без разбора казнил и правых, и виноватых, и (в данном месте текст испорчен) предлагает, повидимому, другие способы прекратить шум. Тогда Энлиль успокаивается. По его заданию Энки и Нинтур совещаются относительно того, как избежать в дальнейшем нестерпимого гвалта.
Итогом обсуждения является план контроля над рождаемостью. Боги вызывают к жизни бесплодных женщин, создают демоницу Пашитту, убивающую младенцев при рождении, и учреждают несколько разрядов жриц, которым деторождение воспрещено. Далее следует поврежденный текст, и миф завершается хвалой Энлилю и его могуществу: