В ближайшие после наводнения годы КРОВЛИ СОБОРА ОСТАВАЛИСЬ НЕПОКРЫТЫМИ: «По грамоте царя в прошлом 709 году... то строение велено Ивану Сурмину строить, но... он... построил у нас в соборной церкви только на одних алтарях покрыл кровли». В 1721 году архимандрит монастыря Гавриил докладывал Святейшему Синоду о повреждениях, обнаруженных им при первом приезде в монастырь: «РИЗНИЦА ТАКО ИЗВЕТШАЛА, ЧТО ПРЕД ЧЕСТНЫМИ ЛЮДМИ В САМЫХ ЛУТЧИХ РИЗАХ СЛУЖИТИ НЕЛЬЗЯ, не вспоминая о других ризничных приборах.
А И САМАЯ СВЯТАЯ СОБОРНАЯ ЦЕРКОВЬ от воды большие вешние 1709 года РАЗСЕЛАСЯ НАДВОЕ, И ВСЕ КАМЕННОЕ СТРОЕНИЕ ПОДАЛОСЯ В КОСТРОМУ РЕКУ; ВРАТА РАСПАЛИСЬ И СТОЛПАМИ ДЕРЕВЯННЫМИ ПОДПЕРТЫ; ВСЕГО ЖЕ РАЗОРЕНИЯ СЕЯ СВЯТЫЯ ОБИТЕЛИ ВКРАТЦЕ И ОПИСАТИ СИМ ИЗВЕСТИЕМ НЕВОЗМОЖНО».
В 1729 году четверик Троицкого собора был покрыт листовым железом, выкрашенным черленью, но галереи и крыльцо оставались под тесовой кровлей. В Описи монастырского имущества, составленной при архимандрите Пимене в 1736 году, по-прежнему отмечались БОЛЬШИЕ ПОВРЕЖДЕНИЯ В СОБОРЕ: «Праздники господские и богородичные и святых угодников и то стенное письмо повредилось и ЦЕРКОВНЫЕ ДВЕ СТЕНЫ ПОПЕРЕГ ЦЕРКВИ СВЕРХУ И ДОНИЗУ ОТ ВЕЛИКОЙ БОЛЬШОЙ ВОДЫ И СВЯЗИ В 708 ГОДУ ПЕРЕРВАЛО».
(И вот, прошло еще шесть лет и мало что изменилось —
РАБОТЫ ПО КАПИТАЛЬНОМУ РЕМОНТУ ЗДАНИЙ ИПАТЬЕВСКОГО МОНАСТЫРЯ ЗАТЯГИВАЛИСЬ ПО ПРИЧИНЕ ОТСУТСТВИЯ НЕОБХОДИМЫХ СРЕДСТВ. В 1744 году по решению Святейшего Синода была учреждена Костромская епархия... Резиденция костромского архиерея разместилась в Ипатьевском монастыре, а Троицкий собор получил статус кафедрального собора. Таким образом, древняя обитель стала административным центром Костромской епархии, и в этих условиях речь шла уже не о починке старых зданий, А О ПОЛНОМ ПЕРЕУСТРОЙСТВЕ МОНАСТЫРЯ...
Несмотря на отдельные работы по ремонту кровли, устройству нового иконостаса (1756-1757 годы) и церкви Праведного Лазаря в подклете южной галереи (1763 год), ПРОЦЕСС ВЕТШАНИЯ СТЕНОПИСИ ПРОДОЛЖАЛСЯ. Особенно этому способствовало ПОСТОЯННОЕ ПРОТЕКАНИЕ КРОВЛИ СОБОРА И ЕГО КУПОЛОВ. Об их повреждениях упоминается в Описной книге Костромского Ипатьевского монастыря: «Пять глав опаянные по дереву жестью ВСЕ ОБВЕТШАЛИ И ЖЕСТЬ ПРОРЖАВЕЛА И ВО МНОГИХ МЕСТАХ ОПАЛА. От этих протечек образовывались «расселины, которые по объявлении знающих как при Геннадии преосвященном, так и при преосвященном Дамаскине прошлого 1766 года ЗАДЕЛАНЫ И ПОДМАЗАНЫ БЫЛИ, ОДНАКО НЫНЕ ОПЯТЬ НЕСКОЛЬКО ЗНАЧАТ».
В 1784 году монастырь начинает приобретать материалы «на починку в домовой церкви иконного настенного письма разных красок и лаку». Эта починка выразилась «в подписывании фресок на значительных участках, в особенности в барабанах и по нижнему ярусу. Записи на фресках вызывались тем, что древняя живопись к этому времени вследствие неблагоприятных условий режима хранения памятника стала испытывать утраты и шелушения красочного слоя (укреплять ее не умели), а после промывки количество утрат еще больше увеличивалось»...
Однако все предпринимаемые меры оказались недостаточными, и К НАЧАЛУ XIX ВЕКА «КАФЕДРАЛЬНЫЙ СОБОР НАХОДИЛСЯ ЕДВА ЛИ НЕ В БОЛЕЕ ЖАЛКОМ СОСТОЯНИИ. ХРАМЫ ТРЕБОВАЛИ ЗНАЧИТЕЛЬНОГО РЕМОНТА: ЖЕЛЕЗО НА КРОВЛЕ И ГЛАВАХ ТРОИЦКОГО ХРАМА И РИЗНИЧНОЙ ПАЛАТЫ ПРОРЖАВЕЛО, — ДЕРЕВЯННЫЕ ПОЛЫ В ОБОИХ СОБОРНЫХ ХРАМАХ, ДЕРЕВЯННЫЕ ГЛАВЫ И НАКАТНЫЕ ПОТОЛКИ ТЕПЛОГО ХРАМА ПРОГНИЛИ, РИЗНИЦА ОБВЕТШАЛА; собор как безприходный, состоящий вдалеке и за рекой от города, не имея ниоткуда средств к содержанию, нередко нуждался даже в приличном освещении, особенно при архиерейском служении...
В таком положении соборяне прибегли к крайнему средству для поддержки соборных храмов — сбору пожертвований». НА ПОЖЕРТВОВАНИЯ ПРИХОЖАН в 1811 и 1813 годах «полы сделаны чугунные, кровли вместо деревянных железные и все выкрашены зеленою краскою». Кроме того, из документов первой половины XIX века известно, что стенопись частично поновлялась в 1834 году, к визиту в монастырь императора Николая I, а также в 1840 году. С 1800 по 1807 год... «на Троицком храме вместо громадных глав устроили из белого железа главы меньшаго размера». В 1835 году они были уничтожены бурей, а в 1842 — восстановлены в своем древнем величественном виде.