В 1994–1995 гг. рост количества фермерских хозяйств замедлился, что обусловлено общими кризисными процессами в экономике страны, нерешенностью организационно – правовых, земельных, материально-технических, социальных других вопросов деятельности К(Ф)Х. Начался период дискриминации крестьянских (фермерских) хозяйств, хотя в силу инерции люди все еще стремились стать фермерами. Из огромной массы официально зарегистрированных фермерских хозяйств многие использовали юридическую форму для получения налоговых льгот, не имея при этом ни поголовья скота, ни площадей под сельскохозяйственными культурами. Это не могло не сказаться отрицательно на формировании и развитии фермерского уклада в нашей стране.
Главными причинами системного кризиса в аграрной сфере страны в этот период, на наш взгляд, являются: отсутствие (или полное забвение) научно-обоснованной аграрной политики; полный отказ от государственного регулирования экономических отношений между отраслями экономики; поспешность открытия внешнего рынка продовольствия без какой-либо защиты отечественных товаропроизводителей; дезинтеграция агропромышленного производства и разрушение на этой основе системы взаимных межотраслевых экономических интересов; наивная и в то же время губительная ориентация на ликвидацию и разрушительное растаскивание крупных сельскохозяйственных предприятий; коммерциализация кредитных учреждений, влекущая за собой введение грабительских процентных ставок; либерализация цен на энергоносители и другие важнейшие материально-технические ресурсы; отсутствие программы существенной государственной поддержки (и экономической, и политической) как сохранившимся, так и вновь созданным аграрным коммерческим организациям, в том числе и крестьянским (фермерским) хозяйствам.
С 2006 года в ходе реализации приоритетного национального проекта «Развитие АПК», в котором в качестве базовых приоритетов был выделен приоритет развития малых форм хозяйствования на селе со значительной государственной поддержкой, сельское хозяйство получило в виде национального проекта новый инструмент управления, позволяющий сконцентрировать ресурсы государства, бизнеса и общества на наиболее значимых для него направлениях, в том числе на дальнейшем развитии малых форм хозяйствования в агропромышленном комплексе.