Сотрудники 3-го отдела выполняли свои обязанности в условиях, сопряженных со значительным риском для жизни. Поэтому руководителям необходимо было действовать спокойно и уверенно, принимать адекватные решения. В советнической деятельности важно было вести целеустремленную и инициативную работу с руководством афганской военной контрразведки, организовать качественную подготовку оперативных подразделений военной контрразведки Афганистана.
В 3-м отделе Представительства работали опытные сотрудники, прибывшие в Афганистан с руководящих должностей из особых отделов КГБ СССР: А. Т. Зимовец, Н. К. Дмитриенко, А. В. Измайлов, И. И. Комиссаров, В. Н. Коротеев, А. Ф. Некрасов, А. К. Рулев, А. М. Савицкий, Л. И. Шилов. Однако подавляющее большинство из них не проходили специальной подготовки перед поездкой в Афганистан, не знали языка страны пребывания, не имели страноведческой подготовки. Это осложняло их работу с руководителями афганской военной контрразведки. Следует отметить, что в составе 3-го отдела в 1983–1985 гг. работал участник Великой Отечественной войны Герой Советского Союза Михаил Иванович Тихонов. Звание Героя Советского Союза Михаил Ивановичу было присвоено в 19 лет за то. что он «18 июля 1944 года при форсировании р. Свирь в составе группы из 12 комсомольцев участвовал в наведении ложной переправы через реку, что позволило вскрыть огневую систему противника и затем подавить ее мощью артиллерии».
Значительную часть сотрудников 3-го отдела составляли молодые и энергичные сотрудники в возрасте 30–40 лет, уже имевшие хороший опыт оперативной работы, прошедшие специальную подготовку перед командировкой в Афганистан, изучившие один из двух государственных языков страны — дари или пушту: В. В. Балдин, В. И. Бершадский, Л. А. Васильев, А. А. Добровольский, А. У. Зеленский, О. Е. Казаченко, А. Н. Кукченко. В. А. Кравцов, М. Ю. Мангушев, И. М. Матвеев, Г. Г. Михайлов, Н. А. Ременных, В. С. Хитяев и многие другие.
В деятельности сотрудников 3-го отдела Представительства были как эффективные контрразведывательные операции, проведенные совместно с афганскими военными контрразведчиками, так и провалы в работе. При участии сотрудников 3-го отдела в 1985 г. была раскрыта и арестована группа агентов оппозиционной организации «Исламское общество Афганистана» (ИОА), действовавшая в разведывательном управлении министерства обороны. В процессе оперативно-следственных мероприятий установлено, что агенты ИОА, работавшие в разведуправлении, передали Ахмаду Шаху Масуду детальные карты-схемы военных аэродромов в Баграме, Герате, Шинданде и Кабуле с обозначением систем обороны и расположения боевой техники, оказывали помощь в разработке плана нанесения ракетно-артиллерийского удара по авиабазе в Баграме, готовили акции по захвату или уничтожению отдельных членов афганского руководства.
Объектом разведывательно-диверсионных устремлений вооруженных отрядов афганской оппозиции были авиабазы в Баграме, Джелалабаде, Кабуле, Кандагаре, Шинданде, на которых находились советские и афганские самолеты и вертолеты.
Так, на аэродроме Шинданд было сосредоточено около сотни советских и афганских самолетов и вертолетов. Скученное базирование авиации, другие неблагоприятные условия создавали реальные угрозы безопасности. В ночь на 13 июня 1985 г. на авиабазе Шинданд в 335-м смешанном авиаполку ВВС ДРА был совершен диверсионный акт. Взрывом специальных устройств, установленных на стоянке самолетов, были повреждены четыре и полностью уничтожены 19 самолетов (6 — Су-17 и 13 — МиГ-21). Взрывные устройства, подложенные под левую стойку шасси на земле, в районе крыльевого бака, взрывались с интервалом 5–7 минут. В результате разрушалось крыло самолета и происходило возгорание топлива. Одно взрывное устройство по причине внутреннего дефекта не взорвалось и было изъято следователями.