Весной 1969 г. В. Ю. Ахундов чувствовал, что скоро покинет свой пост. Непрерывное руководство республикой на протяжении 10 лет давалось непросто. А главное, по характеру он не был жадным до власти человеком. За 10 лет руководства республикой в рамках существовавшей тогда системы он смог немало сделать в направлении развития республики, поддержки творческого процесса в литературе и искусстве, прогресса национальной культуры, исчезновения атмосферы страха. Его напряженная работа сопровождалась наблюдавшимися в руководстве внутренними противоречиями и закулисными играми, породившими нездоровые тенденции. В соответствии с характером Леонида Ильича Брежнева Москва хотела освободить его от должности без осложнений и излишней шумихи. Само освобождение даже обговаривалось с ним, подыскивалась приемлемая формулировка. Правда, до ухода с поста он пролежал 3 месяца в Кремлевской больнице. Однако это было связано не столько с состоянием здоровья, сколько с необходимостью найти логичное объяснение освобождению от должности.
До начала и после окончания лечения В. Ю. Ахундов был принят Л. И. Брежневым, имел беседы в секретариате ЦК КПСС, встречи в отделе организационной партийной работы, провел обмен мнениями с куратором Азербайджана в ЦК КПСС Ю. М. Старченко. Москва уже приняла решение отстранить его от работы и во время его «лечения» согласовывала с его участием детали передачи власти. На пленуме 14 июля он говорил, что сам обратился к Брежневу с просьбой об отставке с поста первого секретаря, но это входило составной частью в уже обговоренный процесс. Центр дал разрешение на его избрание действительным членом АН Азербайджанской ССР по медицине и работу в качестве вице-президента академии после ухода с занимаемой должности.
По возвращении В. Ю. Ахундова в Баку согласованный план стал наполняться рабочим содержанием. 29 апреля президент АН Азербайджана Рустам Исмаилов обратился к нему с письмом о необходимости создания дополнительного места вице-президента академии для планирования научно-исследовательской работы и руководства применением результатов научной работы на производстве[1575]
. Наутро после получения этого письма Ахундов наложил на него резолюцию о вынесении вопроса на бюро. 6 мая бюро ЦК КП Азербайджана дало согласие на учреждение дополнительного места вице-президента АН Азербайджана [1576]. В то же время еще до заседания бюро ряд научно-исследовательских учреждений обратился к Ахундову с просьбой выставить свою кандидатуру на выборах в Академию наук. 6 мая заседание бюро ЦК сочло возможным его участие в выборах и занятие должности заведующего отделом Азербайджанского научно-исследовательского института вирусологии, микробиологии и гигиены им. Мусабекова без получения зарплаты. В июне 1969 г. В. Ю. Ахундов был избран действительным членом АН Азербайджанской ССР, минуя стадию члена-корреспондента.После решений бюро, принятых 6 мая, все члены руководства поняли, что он уходит с занимаемого поста. Это привело к напряженной борьбе за освободившееся место. 21 мая 1969 г. на заседании бюро ЦК КП Азербайджана обсуждались итоги 4 месяцев работы предприятий промышленности и строительства. Бюро уделило внимание некоторым переменам в социальной жизни, промышленности и сельском хозяйстве, произошедшим во второй половине 1960-х гг. В 1967 г. впервые в СССР ряд промышленных предприятий был переведен на 5-дневную рабочую неделю. В октябре того года на пятидневку перешли 1 958 предприятий, на которых работали 362 тыс. чел.[1577]
В декабре бюро ЦК КП Азербайджана приняло постановление, призванное решить проблемы с переходом на 5-дневную рабочую неделю[1578].Вскоре после прихода В. Ю. Ахундова к руководству республикой в Баку было возобновлено строительство метро, остановленное в 1953 г. Введение в эксплуатацию 5 станций Бакинского метрополитена в ноябре 1967 г. стало важным событием в социальной жизни города. Именно тогда проявились первые симптомы недовольства Москвы Ахундовым. На октябрьском 1968 г. пленуме ЦК КПСС генеральный секретарь ЦК КПСС Л. И. Брежнев подверг резкой критике партийную организацию республики за незаконное использование средств, выделенных для сельского хозяйства, на строительство Бакинского метрополитена и жилых домов[1579]
. Публичная критика со стороны Брежнева прозвучала тогда в адрес Ахундова во второй раз после майского 1966 г. пленума ЦК КПСС, когда выражалось недовольство отставанием республики в выполнении сельскохозяйственных планов.