Отец Феофан родился 31 декабря 1872/12 января 1873 года в селе Подмошье Лужского уезда, Санкт-Петербургской губернии в многодетной семье сельского священника, настоятеля церкви в честь иконы Божией Матери, именуемой «Знамение», протоиерея Димитрия Николаевича Быстрова и его матушки Марии Ивановны Быстровой. Во Святом Крещении был наречен Василием в честь святителя Василия Великого.
Василий Быстров последовательно закончил начальное Духовное училище при Александро-Невской Лавре, Санкт-Петербургские духовную семинарию и академию. Везде был первым учащимся и студентом. В Санкт-Петербургской духовной академии подвижник за неполные 20 лет прошел путь от студента до ректора, от инока до епископа, одновременно подвизаясь на трех поприщах: научно-академическом, пастырско-священническом и монашеско-аскетическом.
Академию он блестяще закончил в 1896 году со степенью кандидата богословия и был оставлен профессорским стипендиатом на кафедре Библейской истории, где уже через год стал доцентом.
В 1898 году Василий Димитриевич был пострижен в монашество с именем Феофан в честь преподобного Феофана Исповедника и в память Преосвященного Феофана Затворника Вышенского, которому, по силе своей, подражал всю жизнь. В этом же году отец Феофан был последовательно рукоположен в сан иеродиакона и иеромонаха. В 1901 году возведен в сан архимандрита и назначен исполняющим обязанности инспектора академии.
К этому времени он уже был знаком с Василием Николаевичем Муравьевым.
Основываясь на учении святых отцов, архимандрит Феофан был глубоко уверен в том, что и в миру можно не только спасаться, но и быть истинным подвижником. Живыми примерами тому были преподобный Варнава Гефсиманский и праведный Иоанн Кронштадтский, с которым архимандрит Феофан был в близком знакомстве.
Сродное познается только сродным – будущий святитель увидел в Василии Муравьеве то, чего не дано было увидеть другим. Не в тиши монастырского уединения, не в отдаленной пустыни, а в самой гуще мирской жизни с ее искушениями и соблазнами совершал тот свое восхождение к высотам христианского совершенства.
Была и еще одна причина сблизиться. Василий Николаевич всерьез занимался изучением исторических наук. Священная история и история Церкви находили особый отклик в сердце молодого подвижника. И здесь отец Феофан, как знаток Библейской истории, был для него несравненным собеседником и наставником.
В свою очередь и архимандрит Феофан весьма ценил эти беседы, поскольку Василий Николаевич, обладая феноменальной энциклопедической памятью, знал наизусть невероятное количество исторических дат и фактов, глубоко осмысливал ход исторических событий с древности до последних времен. Единомысленные ученики батюшки Варнавы много размышляли о настоящем дне России и возможных перспективах, делились друг с другом наблюдениями и духовным опытом, который давал Господь подвижникам на путях их аскетического делания.
Из воспоминаний Марии Георгиевны Преображенской – родной племянницы архимандрита (впоследствии епископа) Феофана (Быстрова), которая была духовной дочерью преподобного Серафима Вырицкого в 30-е – 40-е годы прошлого века: «Однажды отец Серафим сказал мне: “Мария! Возьми стул и присядь ко мне поближе”. Старец взял меня за руки и своим теплым-теплым голосом произнес: “А ты знаешь, что я очень хорошо был знаком с твоими родственниками? Мы были большими друзьями с твоим дядей, когда он был духовником Царской Семьи. Тогда же он преподавал в Духовной академии, затем был ее ректором. Это был настоящий инок и большой ученый-богослов. Каждое воскресенье после обедни он приглашал меня на чай, и мы вели с ним долгие беседы о едином на потребу, о творениях святителей Игнатия Брянчанинова, Феофана Затворника Вышенского… Как многому я научился у архиепископа Феофана! От него я перенял многое из опыта внутренней жизни. Владыка Феофан жил в миру, как в пустыне. Ему было многое открыто, он всегда старался жить по воле Божией”».
Можно отметить еще один интересный факт: в ту же пору под руководством отца Феофана подвизались студенты-проповедники Иван Афанасьевич Федченков и Николай Борисович Соболев, впоследствии известные иерархи Церкви – митрополит Вениамин (Федченков) и архиепископ Серафим (Соболев), прославленный в лике святителей Архиерейским Собором Русской Православной Церкви 2016 года.
Также, как и Василий Николаевич Муравьев, отец Феофан лично хорошо знал протоиерея Иоанна Кронштадтского и совершал с ним богослужения.
В 1905 году архимандрит Феофан защитил магистерскую диссертацию, после чего был возведён в звание экстраординарного профессора и утверждён в должности инспектора академии. Вскоре он впервые был принят Государем Императором Николаем II. В своем дневнике в записи от 13 (26) ноября 1905 года Царь отметил: «Принял арх. Феофана, инспектора С.-Петербургской Духовной Академии».