По имеющимся сведениям, вскоре архимандрит Феофан стал неофициальным духовником Августейшей Семьи. Суть здесь в том, что протопресвитер дворцового духовенства Иоанн Янышев, начавший свою придворную карьеру еще при Императоре Александре II, сильно состарился и не мог удовлетворить высокие духовные запросы искренне верующей и взыскательной Императрицы Александры Феодоровны.
Поэтому она, имея официального духовника, начала поиски авторитетного для нее духовного лица. Таким негласным духовником Александры Феодоровны стал архимандрит Феофан (Быстров). Он не только вел духовные беседы с Императрицей и Царскими детьми, но и нередко служил в домовой церкви Александровского дворца. Известно, что впоследствии он с умилением вспоминал, как Александра Феодоровна с дочерьми всю литургию пела на клиросе, а исповедались они всегда со слезами…
1 февраля 1909 года архимандрит Феофан был назначен ректором Санкт-Петербургской духовной академии, а через три недели – 22 февраля в Свято-Троицком соборе Александро-Невской Лавры Первенствующий член Святейшего Синода, митрополит Антоний (Вадковский), в сослужении 12 иерархов, совершил хиротонию архимандрита Феофана во епископа Ямбургского, викария Санкт-Петербургской епархии.
День был воистину символический – 2-я Неделя Великого поста – память святителя Григория Паламы, архиепископа Фессалоникийского – тайнозрителя Фаворского света, проповедника благодати и великого творца Иисусовой молитвы – покровителя ученого монашества, который, по слову тропаря, почитается как «богословов поборниче непреборимый».
После хиротонии новопосвященный епископ Феофан получил из Кабинета Его Величества подарок от Государя Императора Николая II Александровича, Государыни. Императрицы Александры Феодоровны и всей Августейшей Семьи – панагию, точно такую же, какую носил и Пре освященный Феофан Затворник Вышенский, – с изображением Нерукотворенного Образа Христа Спасителя.
20 августа 1909 года Император заложил первый закладной камень в основание Феодоровского Государева собора в Царском Селе, который должен был стать символом возрождения Святой Руси.
Согласно Высочайшему повелению, молебен при закладке храма совершал Преосвященный Феофан (Быстров), епископ Ямбургский, ректор Санкт-Петербургской духовной академии.
Владыка Феофан постоянно болел. Болезненное состояние здоровья, усугубляемое строгим аскетическим образом жизни, заставляло его иногда покидать академию и лечиться на юге России, где здоровье его несколько улучшалось на короткое время. Во время отсутствия Владыки Феофана обязанности ректора исполнял обычно доктор богословия, ординарный профессор кафедры Библейской археологии Иван Гаврилович Троицкий.
19 ноября 1910 года епископ Феофан был переведен в Крым на кафедру Симферопольскую и Таврическую для самостоятельного служения в качестве епархиального архиерея.
25 июня 1912 года он был перемещен в Астрахань на кафедру епископа Астраханского и Енотаевского, а уже 8 марта 1913-го – на кафедру епископа Полтавского и Переяславского. В 1917 году возведен в сан архиепископа.
После этого в жизни Владыки начинается долгая полоса испытаний. Неоднократно в полной мере исполнилось на нем обетование Господа нашего Иисуса Христа: «
Полтава в 1917 году оказалась местом самого активного сепаратистского движения, связанного с провозглашением автономии Украины Центральной Радой 10 июня 1917 года по ее 1-му Универсалу (
Тогда архиепископ Феофан сильно пострадал за истину от захвативших власть петлюровцев. Они потребовали от полтавского архиерея отслужить торжественную панихиду по бывшему гетману Украины – изменнику Ивану Мазепе, преданному Русской Православной Церковью анафеме. На категорическое требование украинских националистов архиепископ Феофан ответил решительным отказом, за что был брошен в тюрьму. Освобожден только после того, как власти Украинской народной республики эвакуировались из Полтавы.
Как правящий архиерей Полтавской епархии, Владыка Феофан участвовал в проведении Всероссийского Поместного Собора 1917–1918 годов, а в 1919 году он вошел в состав Временного Высшего Церковного Управления на Юго-Востоке России под председательством митрополита Киевского и Галицкого Антония (Храповицкого). Вскоре большинству входивших в Управление русских иерархов пришлось эмигрировать вместе с армией Врангеля. Так архиепископ Феофан оказался в Константинополе.
В 1921 году он вместе со всем Управлением по приглашению Сербского Патриарха Димитрия переехал в Югославию и участвовал там в том же году в происходившем в Сремских Карловцах первом Соборе русских архиереев, оказавшихся за границей.
После образования Архиерейского Синода Русской Православной Церкви Заграницей, архиепископ Феофан вошел в его состав. Как один из старейших его членов порой заменял его Председателя митрополита Антония (Храповицкого).