В сентябре – октябре 1861 г. в Петербурге, Москве, Казани и Киеве произошли студенческие волнения, связанные как с бурно обсуждавшимся в либеральных кругах проектом нового университетского устава, так и с недовольством студентами отсутствием политических преобразований. Правительство, пытаясь подавить студенческие волнения, отменило студенческое самоуправление и льготы для бедных. Эти меры вызвали массовые студенческие беспорядки, сопровождавшиеся погромами и поджогами. В Москве агенты полиции распустили слух, что «господа студенты» бунтуют, требуя восстановить крепостное право. Эта провокация привела 12 октября к избиению студенческой демонстрации «охотнорядцами» при поддержке полиции и казаков. После студенческих беспорядков петербургский военный генерал-губернатор П. Н. Игнатьев был заменен А. А. Суворовым.
В конце октября систематическое наружное наблюдение с помощью извозчиков было установлено за Н. Г. Чернышевским. Стационарное наблюдение за квартирой писателя осуществлялось из комнаты, специально снятой в доме напротив. С 17 ноября агентурные сообщения о том, что делал «объект», кто у него бывал, куда он выезжал, с кем встречался и т. п., поступали в Третье отделение почти ежедневно.
Вероятно, совокупность всех этих событий привела к усилению охраны Александра II. В конце 1861 г. по высочайшему повелению было собрано Особое совещание для выработки плана мер охраны императорской фамилии и по Главному караулу Зимнего дворца. В совещании приняли участие военный министр Д. А. Милютин, шеф жандармов В. А. Долгоруков, петербургский военный губернатор А. А. Суворов, временно исполняющий должность командующего Гвардейским корпусом великий князь Николай Николаевич (старший) и начальник штаба Гвардейского корпуса. Восьмого декабря 1861 г. по докладу министра Императорского двора В. Ф. Адлерберга специально для охраны Зимнего дворца была учреждена инструкция для особой
Команде поручалось осуществлять охрану всех восьми подъездов дворца: Его Величества, Ее Величества, наследника, Государственного совета, Комитета министров, Иорданского, Министерского и Комендантского. Личный состав команды определили в тридцать человек: три смены на каждый подъезд и шесть человек в резерве. Подбором кадров руководил лично военный генерал-губернатор Санкт-Петербурга. Команду сформировали из лучших городовых (фельдфебелей и унтер-офицеров) и околоточных надзирателей, а также отставных гвардейских унтер-офицеров. Всем им полагалось носить форму надзирателей петербургской полиции; жалованье составляло 411 рублей в год из сумм Министерства Императорского двора. Первоначально по вопросам службы Команда городовых стражей подчинялась приставу 1-й Адмиралтейской части. Кадровые вопросы решались петербургским обер-полицмейстером.
Произошли очередные изменения и в руководстве политической полиции. Четырнадцатого декабря на место П. А. Шувалова заступил А. Л. Потапов. Примечательно, что о деятельности Шувалова в 1862 г. не имеется практически никаких сведений. Это (учитывая его дальнейшую карьеру) позволяет сделать достаточно аргументированное предположение, что в это время он исполнял личные секретные поручения Александра II. Под руководством Потапова Третье отделение активизировало работу против Герцена, Чернышевского и внутренней российской оппозиции.
В конце 1861 г. по инициативе братьев Н. А. и А. А. Серно-Соловьевичей, А. А. Слепцова, Н. Н. Обручева, В. С. Курочкина и др. разрозненные группы разночинцев приступили к созданию единой организации. Идейными вдохновителями оппозиции являлись Герцен, Огарев и Чернышевский.
Тогда же в Царстве Польском по инициативе поручика В. Т. Каплинского и подпоручика А. А. Потебни формируется нелегальная военная организация
Некоторые историки считают, что стремление оппозиционеров к объединению было вызвано исключительно объективными причинами во внутренней жизни страны. Но есть и другая точка зрения: что процесс создания антиправительственного подполья в Российской империи был следствием внешнего воздействия масонских сил, ставленниками которых являлись Герцен и Чернышевский. Чернышевского даже называют главой «ордена русской интеллигенции» (или «ордена русских иллюминатов»). По нашему мнению, истину следует искать посередине. Плюс – воздействие извне. С точки зрения геополитики, любое государство всегда будет пытаться оказать влияние на соседние и на более отдаленные страны, в том числе ослабляя их с помощью внутренних конфликтов. Для этого используются государственные и негосударственные структуры, включая международные организации.