Как раз когда Миллер вернулся в Петербург, в Академии происходили бурные события. Академики добились удаления от дел и ареста ненавистного Шумахера (как оказалось, только на время) и теперь, выведенные из терпения пьяными загулами и буянством академика Ломоносова, обращались к императрице с жалобой: убежденные «в показанном нам от Ломоносова несносном бесчестии и неслыханном ругательстве», они требовали «учинить надлежащую праведную сатисфакцию, без чего Академия более состоять не может». А пока академики постановили не допускать его на заседания. Это постановление было принято на пятый день после приезда Миллера, и он, всегда придирчиво требовательный относительно любого умаления своих привилегий как академика (равно и достоинства всей коллегии), принимал деятельное участие в наказании Ломоносова. Ломоносов объявил, что никогда не простит ему этого участия (Пекарский 1870: 336).
Между тем и Шумахер вернулся к власти в Академии, и Ломоносов набирал в ней силу. Шумахер настроил против Миллера президента графа Разумовского и его фаворита Теплова. Двойной оклад, обещанный Миллеру за экспедицию, был снова уменьшен до первоначального, его труды не печатались. Он на это жаловался Разумовскому, указывая, что его «ипохондрическая болезнь», «которая начало обыкновенно имеет от многих трудов, а потом и часто приключается от досады и печали», много у него прибыла от того, что обещанного сенатским указом вознаграждения он не получил, «и дается мне жалованья самый молодший оклад». И что он видит, «что мои труды токмо червям на пищу или другим людям, которые после меня пользоваться будут, в похвалу служить имеют так, как сделалось с описаниями покойного доктора Мессершмидта, которые и поныне лежат непечатаны...» (Пекарский 1879: 343).
В 1747 г. был принят новый «Регламент» Академии наук, в котором гуманитарный разряд не был предусмотрен, а члены Академии были разделены на академиков и профессоров. Профессора должны преподавать в академическом университете, не исключая и гуманитарные науки. От этой перестройки профессор Миллер, пожалуй, выиграл: ему было пожаловано увеличение оклада и звание историографа России, а также должность ректора академического университета (таким образом, он стал первым росийским историографом и первым ректором первого российского университета!) — в обмен на принятие российского подданства. А переписку с заграницей он должен вести отныне только через канцелярию Академии наук. В 1748 г. академик Гмелин уехал за рубеж, при чем Ломоносов и Миллер вдвоем поручились за него, что он вернется. А он вернуться отказался. Обоим поручителям вдвое уменьшили жалованье. Уехавший ранее Делиль прислал Миллеру письмо, в котором он намекал на некий их сговор нечто опубликовать за границей из истории Академии, к чему Академия относилась с крайней опаскою — большей, чем к разглашению государственной тайны. От Миллера потребовали разъяснения, он писал оправдательные объяснения, что ничего предосудительного не имелось в виду.
Затем последовал эпизод, который тогда имел мало касательства к археологическим материалам, но он затрагивал тему, которая в наше время приобрела злободневное звучание именно в археологии — тему этногенеза и норманнский вопрос.
В марте 1749 г. Ломоносову и Миллеру было поручено выступить на торжественном собрании Академии 6 сентября, в день тезоименитства императрицы Елизаветы. Рекомендуя Ломоносова президенту, Шумахер мотивировал это так:
«Очень бы я желал, чтобы кто-нибудь другой, а не г. Ломоносов произнес речь в будущее торжественное заседание, но не знаю такого между нашими академиками... Оратор должен быть смел и некоторым образом нахален... Разве у нас, милостивый государь, есть кто-нибудь другой в Академии, который бы превзошел его в этих качествах?»
О Миллере же было сказано так: «у него довольно хорошее русское произношение, громкий голос и присутствие духа, очень близкое к нахальству!»
Шумахер, конечно, не без задней мысли столкнул лбами обоих «нахалов» (Пекарский 1873: 402).
Ломоносов, искушенный в писании од, сочинил похвальное слово императрице Елизавете, и к нему не было претензий. Между прочим, он влагает в уста императрице такое обращение к подданным: «Я видеть Российскую Академию из сынов российских состоящую желаю». Ломоносов всячески желал внушить властям, «что может собственных Платонов и быстрых разумом Невтонов российская земля рождать». Он боролся за доминирование в Академии. Немецкие члены Академии намек собрата поняли, но смолчали.