К сожалению, названная болезнь, застрявшая в нем еще со времен комсомольского лидерства, подрывала его здоровье. Всю жизнь Глеб боролся с этим пороком, и годами в рот не брал спиртного, но иногда срывался. Для борца это, конечно, непозволительно. Недруги использовали эти срывы и добились его удаления не только из Городского совета, но и с кафедры археологии. Тут его заменили его учениками. Лебедев же был назначен ведущим научным сотрудником НИИ комплексных социальных исследований СПб университета, а также директором СПб филиала РосНИИ культурного и природного наследия. Однако в основном это были должности без постоянной ставки. Жить приходилось почасовым преподаванием в разных вузах. Он так и не был восстановлен в профессорской должности на кафедре, но через много лет стал снова преподавать в качестве почасовика, носился с идеей организовать постоянную учебную базу в Старой Ладоге.
Все эти трудные годы, когда многие коллеги покинули науку ради заработков в более прибыльных отраслях, Лебедев, будучи в самых скверных материальных условиях, не прекращал заниматься наукой и гражданской деятельностью, не приносившими ему практически никаких доходов. Из видных научных и общественных деятелей нового времени, находившихся у власти, он сделал больше многих и не нажил в материальном отношении НИЧЕГО. Он оставался жить в Петербурге Достоевского (у Витебского вокзала) — в той же дряхлой и неустроенной, бедно обставленной квартире, в которой родился.
Семье (жене и детям) он оставил свою библиотеку, неопубликованые стихи и доброе имя.
В политике он был деятелем собчаковской формации, и естественно, что антидемократические силы преследовали его как могли. Не оставляют они этой злобной травли и после смерти. Газета Шутова «Новый Петербург» откликнулась на смерть ученого гнусной заметкой, в которой обзывает покойного «неформальным патриархом археологической тусовки» и сочиняет небылицы о причинах его гибели. Якобы в беседе со своим другом Алексеем Ковалевым, при которой присутствовал корреспондент «НП», Лебедев выдал некие секреты службы охраны президента во время городского юбилея (использование магии «отвода глаз»), и за это тайные службы госбезопасности устранили его. Что тут можно сказать? Стулья знакомы с людьми близко и длительно. Но очень односторонне. При жизни Глеб ценил юмор, и его бы весьма позабавила шутовская магия черного ПИАРа, но Глеба нет, и кто бы мог объяснить газетчикам все неприличие их шутовского кривляния? Однако и в этом кривом зеркале отразилась действительность: без Лебедева действительно не обходилось ни одно крупное событие городской научной и общественной жизни (в понимании шутовских газетчиков конгрессы и конференции — это тусовки), и он действительно был всегда окружен творческой молодежью.
Ему было свойственно ощущение мистических связей истории с современностью, исторических событий и процессов со своей личной жизнью. По образу мышления ему был близок Рерих. Тут есть некоторое противоречие с принятым идеалом ученого, но недостатки человека являются продолжением его достоинств. Трезвое и холодное рассудочное мышление было ему чуждо. Он был опьянен ароматом истории (а порою не только им). Подобно своим героям-викингам, он жил полной жизнью. Он дружил с Интерьерным театром Петербурга и, будучи профессором, принимал участие в его массовых спектаклях. Когда в 1987 г. курсанты Макаровского училища на двух гребных ялах прошли по «пути из варяг в греки», по рекам, озерам и волокам нашей страны, от Выборга до Одессы, вместе с ними тащил ладьи волоком пожилой профессор Лебедев.
Когда норвежцы построили подобия древних ладей викингов и тоже предприняли на них путешествие от Балтийского до Черного моря, в России была построена такая же ладья «Нево», но совместное путешествие 1991 г. было сорвано путчем. Осуществлено оно было только в 1995-м со шведами, и снова с молодыми гребцами был профессор Лебедев. Когда же этим летом шведские «викинги» прибыли снова на ладьях в Петербург и расположились лагерем, моделирующим древние «вики», на пляже у Петропавловской крепости, в палатках с ними поселился Глеб Лебедев. Он дышал воздухом истории и жил в ней.
Вместе со шведскими «викингами» он отправился из Петербурга в древнейшую славяно-варяжскую столицу Руси — Старую Ладогу, с которой были связаны его раскопки, разведки и планы создания университетской базы и музейного центра. В ночь на 15 августа (отмечаемое всеми археологами России как День археолога) Лебедев распрощался с коллегами, и утром его нашли неподалеку от запертого общежития археологов разбитым и мертвым. Смерть была мгновенной. Еще раньше он завещал похоронить себя в Старой Ладоге — древней столице Рюрика. У него было много планов, но по каким-то мистическим планам судьбы умереть он прибыл туда, где и хотел остаться навечно.
В своей «Истории отечественной археологии» он писал об археологии: