После того как субстрат впитает воду с суспензией микроорганизмов, его хорошо перемешивают и укладывают в ящики, покрытые полиэтиленовой пленкой с перфорацией (диаметр отверстий 1–2 мм, расстояние между ними 10 см), или в полиэтиленовые мешки. При размере ящиков или мешков 40x60x20 см создаются условия для хорошей аэрации и поддержания оптимальной температуры для роста мицелия. Затем в закрытое помещение пускают пар. Ящики или мешки должны быть уложены так, чтобы для пара была доступной максимальная площадь их поверхности. Нагретый до температуры 55 °C субстрат выдерживают в течение 12 часов. После этого его постепенно охлаждают в этом же помещении, а затем переносят в другое. Измельченный субстрат подается пневматическим устройством в загрузочный контейнер. Затем с помощью специального подающего устройства субстрат поступает в миксер, где смешивается с водой и некоторыми фунгицидами. Для уничтожения конкурирующих микроорганизмов и плесеней субстрат в отсеках нагревают, а затем охлаждают до температуры 20–25 °C. В бункере, снабженном дозатором мицелия, определенное количество субстрата смешивается с соответствующей порцией мицелия. На упаковочной линии инокулированный мицелием субстрат упаковывается в мешки, ящики или специальные контейнеры.
Во время роста мицелия основное внимание необходимо уделять температурному режиму. В субстрате находятся в активном состоянии защитные микроорганизмы, в результате жизнедеятельности которых выделяется тепло. Перегрев субстрата и помещения может вызвать гибель мицелия. Температура внутри субстрата и температура в помещении отличаются, поэтому для правильного регулирования их рекомендуется в большинстве ящиков измерять температуру субстрата дважды в сутки. Оптимальной для роста мицелия является температура 25–27 °C. При ее повышении внутри субстрата до 28 °C и более следует охлаждать субстрат с помощью циркуляции воздуха – проветривания, усиленной вентиляции.
В течение первой недели после инокуляции, особенно на 3—4-й день, наблюдается наибольшая разница между температурами субстрата и помещения, которая может достигать 6–8° (в средних ящиках столба она еще больше). По истечении первой недели не наблюдается заметной разницы между температурой субстрата и помещения, хотя температура субстрата всегда на 1–2° выше температуры окружающей среды. В это время температура в помещении должна быть в пределах 18–20 °C. В период роста мицелия необходим приток свежего воздуха, поэтому помещение следует проветривать 3–4 раза в день. Хотя рост мицелия происходит в полуанаэробных условиях, достаточное количество кислорода является очень важным фактором. Во время роста мицелия немаловажна и концентрация углекислого газа в субстрате: высокое его содержание является защитным барьером от влияния вредных микроорганизмов, которые при такой концентрации С0
2погибают либо растут очень слабо. Лишь при 37,5 % содержании С0 2в воздухе (по сравнению с 0,03 % в контроле) рост мицелия вешенки обыкновенной тормозится.