Средневековые тюрко- и монголоязычные номады и их потомки на Руси, в Российской Империи, странах Запада и Казахстане

По мнению московского археолога Леонида Кызласова, Алькей Маргулан уцелел лишь потому, что единственный экземпляр рукописи его диссертации «Эпические сказания казахского народа» «вовремя исчез» из фонда Ленинской библиотеки. Но факт исчезновения рукописи не находит подтверждения. Когда корреспондент Азаттыка процитировал это высказывание московского друга Алькея Маргулана его дочери Данель Маргулан, она удивилась.

— Я, учась в аспирантуре в Москве, взяла в Ленинской библиотеке фотокопию диссертации. Эта диссертация опубликована (в одном из томов подготовленного ею 14-томного собрания сочинений своего отца)^{13}.

11–15 апреля 1953 г. в Алма-Ате с участием президента Академии наук Динмухамеда Кунаева, 30 ученых из Казахстана и нескольких человек из России, прошла «дискуссия», во время которой Маргулан и ряд других ученых были обвинены в отходе от марксистско-ленинского учения. Главным обвинителем выступал Малик Габдуллин, обвинявший коллег (чаще всего он критиковал Мухтара Ауэзова, Алькея Маргулана, Есмагамбета Исмаилова, Бейсембая Кенжебаева) в «неправильном, антимарксистском освещении истории казахского эпоса» и в том, что не все из них выступили с критикой «ошибок».

В те годы Малик Габдуллин последовательно руководил Институтом литературы и языкознания АН Казахской ССР (1946–1951), Казахским педагогическим институтом имени Абая (1953–1963). При этом публично каялся, что сам ранее совершал «ошибки».

Алькей Маргулан признал критику в свой адрес отчасти справедливой и предложил объяснение причин появления «ошибок». Он сказал, что к ним привело то, что еще в царское время казахский эпос изучался известными русскими учеными, оставившими различные толкования. Корни своих «ошибок» он видел в идеализации Александра Веселовского и его школы, которую долгие годы признавали многие советские ученые. «После постановления ЦК ВКП (б) о работе Татарского обкома я, как честный человек, не мог повторять старые, осужденные ошибки. Статьи, опубликованные после этого постановления, были написаны гораздо раньше — в 1942–1943 гг., но опубликованы спустя 3–4 года без исправления», — сказал Маргулан^{13}.

В октябре 1950 г. казахский историк Тлеукажи Шоинбаев направил письмо секретарю ЦК ВКП (б) М. А. Суслову и председателю Комиссии партийного контроля при ЦК ВКП (б) М. Ф. Шкирятову о биографии президента Академии наук КазССР К. Сатпаева, влиянии на него традиций и родственных связей. В письме Т. Шоинбаев выдвинул против К. Сатпаева серьезные по тем временам обвинения: выходец из крупной байско-феодальной семьи, был активным членом партии «Алаш», насаждает в Академии наук трайбализм и кумовство, имеет несколько жен. Шоинбаев в связи с этими обвинениями упоминает и Алькея Маргулана, которого причислил к «буржуазным националистам»: «Зять Сатпаева Аликей Маргулан в 1946 году с помощью Сатпаева защитил докторскую диссертацию на тему „Казахский эпос“, в которой Маргулан восхваляет, идеализирует военачальника „золотой орды“ Едиге, одного из палачей русского народа в период монгольского ига. Этот буржуазный националист Маргулан с помощью Сатпаева стал член-корреспондентом Академии наук Каз. ССР».

В результате Каныш Сатпаев в ноябре 1951 г. был освобожден от должности президента и члена президиума Академии наук^{13}.

Лишь после смерти Сталина Маргулан смог полноценно заняться наукой.

На протяжении 28 лет — с 1946 по 1974 год — Алькей Маргулан руководил Центрально-Казахстанской археологической экспедицией. Он провёл первые археологические раскопки древних городов вдоль рек Сырдарья, Талас, Шу, исследовал культуры Тараза, Отрара, Сайрама, Саурана, Сыгнака и доказал существование городских поселений в древнем Казахстане. Одно из его выдающихся открытий в археологии — бегазы-дандыбаевская культура в Центральном Казахстане.

В 1979 г. вышла монография А. Маргулана «Бегазы-Дандыбаевская культура Центрального Казахстана» — основательный и фундаментальный труд по древней истории Казахстана. Результаты археологических исследований автора в Сары-Арке были обобщены в фундаментальных монографиях «Древняя культура Центрального Казахстана», «История Казахской ССР» в пяти томах.

С середины 1950 гг. под руководством Маргулана осуществлялся сбор информации и материалов о выдающемся казахском учёном-просветителе Ч. Ч. Валиханове. А. Х. Маргулан автор таких произведений, как «Шокан жене Манас» (о Чокане Валиханове и киргизском эпосе «Манас»), «Ежелги жыр аныздар» («Древние легенды») и «Казахское прикладное искусство» в трех томах.

Научно-преподавательскую деятельность Маргулан сочетал с организаторской работой, возглавляя в течение многих лет Координационный совет по этногенезу казахского народа, Учёный совет Института истории, археологии и этнографии Академии наук КазССР, специализированный совет по защите докторских диссертаций.

Под руководством А. Х. Маргулана защищено более 50 кандидатских и докторских диссертаций.

Умер 14 января 1985 года.