В марте 1950 г. всем арестованным было объявлено об окончании следствия. Абакумову пришлось признать, что, несмотря на подписанные протоколы, он не особенно далеко продвинулся. С такими обвиняемыми показательный процесс в стиле 1930-х гг. был неосуществим. Заключительный отчет от 25 марта 1950 г. позволяет увидеть, что Сталин и его подручные мечтали о гораздо более широкомасштабном процессе, чем тот, который можно было организовать на основе скудных «признаний». Эта цель, казалось, отодвинулась еще дальше, когда Лозовский, Юзефович и Зускин отказались от своих показаний, а Шимелиович заявил о своей полной невиновности. Процесс оказался фактически положен под сукно. Обвиняемые оставались в заключении без каких-либо объяснений, но их больше не допрашивали.
Тем временем на многих шедших параллельно процессах против других сотрудников ЕАК были вынесены приговоры. В 1949 г. органами безопасности были арестованы также писатели Дер Нистер, Самуил Галкин, Дмитрий Стонов, Hoax Лурье, критики Иехезкель Добрушин и Исаак Нусинов и другие. В 1950 г. их приговорили к длительным срокам заключения в лагерях, где многие не выжили. Были и приговоры к расстрелу, в частности, такая судьба постигла Мириам Айзенштадт-Железнову или Наума Левина, которых приговорил к смертной казни судья на большом процессе ЕАК А. А. Чепцов. Им вменялось в вину то же, что и их коллегам, представшим перед судом в 1952 г., — передача материалов мнимому американскому шпиону Гольдбергу. Общий итог всех параллельных процессов был подведен в документе о реабилитации 1989 г.:
«В 1948–1952 гг., в связи с так называемым делом “Еврейского антифашистского комитета”, были арестованы и привлечены к уголовной ответственности по обвинению в шпионаже и антисоветской националистической деятельности многие другие лица еврейской национальности, в том числе партийные и советские работники, ученые, писатели, поэты, журналисты, артисты, служащие государственных учреждений, — всего 110 человек. Из числа репрессированных было приговорено к высшей мере наказания — 10 человек, к 25 годам исправительно-трудовых лагерей — 20, к 20 годам — 3, к 15 годам — 11, к 10 годам — 50, к 8 годам — 2, к 7 годам — 1, к 5 годам — 2, к 10 годам ссылки — 1, умерло в ходе следствия — 5, прекращены дела после ареста в отношении 5 человек»36
.Все эти жертвы были реабилитированы в 1989 г. Они были так же невиновны, как и обвиняемые на процессе 1952 г. Почему же одни были осуждены относительно быстро, а других долго допрашивали, пытали и потом на некоторое время поначалу «забыли»? Причина заключается в том, что последние должны были послужить послушными свидетелями на огромном процессе, в ходе которого предполагалось раскрыть и заговор в высших правительственных кругах — вплоть до супруги Молотова. Если Абакумову не удалось справиться с этой задачей, несмотря на все пытки и ухищрения, это не означало, в соответствии со сталинистской логикой, что заговора не было. Это означало скорее, что Абакумов — потенциальный предатель. Так, прежде чем следствие по делу ЕАК двинулось дальше, началась одна из больших чисток в Министерстве государственной безопасности.
2 июля 1951 г. М. Д. Рюмин, до тех пор довольно незаметный сотрудник МГБ, в письме Сталину донес на своего шефа Абакумова. Сам он, будучи позже смещенным, заявил, что тем самым намеревался предупредить раскрытие некоторых теневых сторон своей биографии (его отец был зажиточным торговцем, а тесть даже служил в белой армии Колчака). Рюмин обвинял Абакумова в том, что тот сознательно преуменьшил значение «заговора старшеклассников». Группа школьников старших классов и студентов, евреев, основала «Союз борьбы за дело революции», от чего Абакумов отмахнулся как от безвредной игры37
.После этого доноса Сталин 11 июля 1951 г. подписал документ о «неблагополучном положении в Министерстве государственной безопасности». Абакумов, обвиненный также в утаивании трофейных предметов искусства, был арестован, но «расследование» Рюмина продолжалось. Он утверждал, что воспрепятствовал «сионистскому» заговору в министерстве и обеспечил убедительные доказательства против ЕАК. 15 июля 1951 г. был арестован сотрудник Абакумова Л. Шварцман, в октябре настала очередь Л. Райхмана и Н.Эйтингона, специалистов по выполнению кровавых спецзаданий вроде убийства Троцкого. Л. Р. Шейнин, писатель и с 1930-х гг. следователь прокуратуры, и А. Я. Свердлов, сын первого главы Советского государства, были также арестованы в ходе этой акции антиеврейской чистки. Рюмин приписывал им всем боязнь того, что в ходе процесса против ЕАК достоянием гласности может стать их националистическая антисоветская деятельность. Поэтому они якобы делали все, чтобы «заволокитить» и замять дело.