Большие трудности испытывали части авиации флота, дислоцированные в районе Порт-Артурской военно-морской базы. Особенное беспокойство у командования вызвала только что переданная флоту 194-я бомбардировочная дивизия. Ее 126 самолетов Ту-2 выпуска 1944-1948 годов в большинстве своем требовали ремонта. А экипажам еще предстояло учиться летать над морем и действовать против кораблей.
Сложности проявлялись и в организации связи, а также в использовании еще новых тогда на флоте средств радиолокации и гидроакустики. Перевооружение береговых узлов связи и кораблей новыми средствами радиосвязи серии «Победа» только начиналось, равно как и поступление на флот отечественных радиолокационных и гидроакустических станций . Все это отрицательно сказывалось на боеготовности системы управления силами флота, возможностями оповещения кораблей и подводных лодок в море, а также боевой готовности сил и средств противовоздушной обороны.
Как и весь Тихоокеанский флот, была переведена в повышенную боевую готовность передовая Порт-Артурская ВМБ. Ее командованию было дано указание проводить боевую подготовку в Желтом море у берегов базы. Служивший там в это время будущий Герой Советского Союза адмирал А.П. Михайловский писал: «Обстановка в Порт-Артуре посуровела. Многие офицеры начали отправлять семьи в Россию».
25 июня командующий военно-воздушными силами США генерал Ванденберг получил указание о подготовке к нанесению ядерных ударов по советским военным базам в Сибири, в случае участия СССР в корейском конфликте. Чтобы избежать инцидентов, сразу после начала войны советское военное руководство немедленно предприняло необходимые меры во избежание случайного столкновения с американцами. Так, 26 июня из-за войны в Корее было решено отменить поход эскадры 5-го ВМФ ТОФ к Порт-Артуру. Ведь в ходе планируемых при этом учений кораблям и авиации пришлось бы действовать в районе Японского и Желтого морей, где были развернуты оперативные соединения американского флота. Кроме того, корабли, выполнявшие плавание вблизи Корейского полуострова, по возможности были возвращены в советские воды. Несший тогда службу на большом охотнике за подводными лодками БО-122 «Связист» М.И. Хнытиков вспоминает: «В 1950-м началась война в Корее. Так получилось, что мы оказались вблизи корейских берегов в самый первый ее день. Тогда мы шли из Владивостока в Дальний, перегоняли корабли для Китая... Ну, шли - громко сказано. Двое суток еле ползли в сплошном тумане. Едва пробилось солнце, вздохнули с облегчением: сейчас - «полный вперед» и скоро будем на месте. Но неожиданно весь отряд развернули на обратный курс. Нам объявили: в Корее война. Мы в это время как раз проходили мимо Сейсина. Вся команда высыпала на палубу посмотреть. Мы же там каждый мысок, каждую бухточку на память знаем! Это ж вроде, как совсем, родная земля для нас. Чувство было такое, что лично каждому из нас войну объявили. «Связиста» перевели в нейтральные воды. Три месяца мы болтались в виду корейских берегов. Мы следили за американскими подводными лодками, расстреливали мины. Корейцам помогали, насколько это было возможно, чтоб нейтралитета не нарушать. Мы не раз подбирали из воды корейских моряков. Если удавалось спасти катер, брали его на буксир и тащили в наши приграничные бухты».
Но не все советские корабли смогли избежать встречи с войной. 26 июня 1950 года при входе в Корейский пролив четыре южнокорейских тральщика подвергли артиллерийско-пулеметному обстрелу кабельное судно «Пластун» Тихоокеанского флота, следовавшее из Владивостока в Порт-Артур . Преследование советского судна продолжалось до 6 часов утра. В результате обстрела погибли командир судна «Пластун» капитан-лейтенант Колесников и 2 матроса. Кроме того, из состава команды 13 человек были ранены. Судно получило две пробоины в подводной части корпуса и разрушения палубных надстроек. Во время обстрела с корабля «Пластун» был открыт ответный огонь из двух 45-миллиметровых пушек и четырех крупнокалиберных пулеметов. Судно своим ходом вернулось во Владивосток. Об инциденте было доложено Сталину.