В Красной Армии он оказался с самого ее возникновения и долгое время — с мая 1918 по март 1919 г. — занимал должность начальника Мобилизационного управления Всероглав-штаба. В период кризиса на Восточном фронте, в мае 1919 г., П. Лебедева назначают начальником штаба Восточного фронта к С. Каменеву. С этого времени и до весны 1924 г. продолжалось их служебное сотрудничество. Именно П. Лебедев своей твердой позицией, в сущности, сыграл главную роль в сохранении С. Каменева командующим фронтом, коща Л. Троцкий по-пытатся отстранить последнего от этой должности. Поддержанный не только П. Лебедевым, но также М. Фрунзе, М. Тухачевским, С. Гусевым и, что самое главное, В. Лениным, С. Каменев не только был восстановлен в должности командующего фронтом, но в июле 1919 г. назначен главкомом всех Вооруженных сил республики. П. Лебедев также был повышен в должности. Его назначили начальником Полевого штаба РВСР. После объединения Полевого штаба РВСР с Всероглавштабом в единый Штаб РККА П. Лебедев был назначен его начальником. В этой должности он оставался до марта 1924 г. В силу своих, несомненно незаурядных, военных способностей П. Лебедев был личностью неординарной, а в изуродованных революцией и Гражданской войной политических и человеческих обстоятельствах — и весьма неоднозначной. «Это человек, — вспоминал о нем генерал А. Брусилов, — который действительно работал много, будучи несколько лет начальником штаба Красной Армии, и, в сущности, создал все дело и поставил на рельсы весь механизм ее. Это чрезвычайно умный человек, и, собственно говоря, работал он, а главнокомандующий Каменев, как очень недалекий человек, был пешкой в его руках...»1. Однако генерал А. Лукомский, под чьим начальством в свое время служил П. Лебедев, считал последнего «хорошим работником, хорошим исполнителем, но ничем особенным не отличавшимся»4 5.
«Разговор, — вспоминал генерал Нокс о беседе с П. Лебедевым, — коснулся доли тягот, выпавших на долю каждого из союзников, и маленький Лебедев, горячий патриот, увлекся вовсю. Он сказал, что история осудит Англию и Францию за то, что они месяцами таились, как зайцы в своих норах, свалив всю тяжесть на Россию. Я, конечно, спорил с ним и указывал ему, что если бы не Англия, то Архангельск и Владивосток были бы заблокированы и Россия вынуждена была бы заключить мир весной 1915 г. Я напоминат ему, что, хотя в мирное время мы имели лишь ничтожную армию, сейчас ее численная сила почти равна русской, и это, несмотря на то, что численность нашего населения всего 45 000 000, а России — 180 000 000. Относительно Франции я повторил слова Делькассе, что для того, чтобы усилия России достигли уровня напряжения Франции, первая должна была бы мобилизовать 17 000 000. Лебедев ответил, что не желает сравнивать, что сейчас делает каждая из армий, но он сожалеет, что в Англии не понимают, что текущая война непосредственно грозит ее существованию. Несомненно, что Англия делает много, но она не делает всего, что она могла бы делать. Россия же ничего не бережет и все отдает; что может быть дороже, чем жизнь ее сынов? Но она широко ими жертвует. Англия же широко дает деньги, а людей своих бережет. Число людей, которыми Россия готова пожертвовать, ограничивается лишь возможностями их вооружения. Эти возможности, как я знаю, ограниченны. Англия ведет эту войну, как будто это обыкновенная война, но это не так. Из всех союзников России легче всего заключить сепаратный мир. Правда, она при этом может потерять Польшу, но Польша России совсем не нужна. России придется заплатить контрибуцию, но через двадцать лет после этого Россия восстановит все свои силы. Не таково положение Англии. Если Германия выиграет войну, то через 20 лет Германия будет иметь флот в три раза сильнее английского. Затем он сказал'мне: «Мы же продолжаем войну. Мы отдаем все. Думаете ли вы, что нам легко видеть длинные колонны населения, убегающего перед вторгающимися немцами? Мы прекрасно осознаем, что дети на этих повозках не доживут до весны». Что я мог ответить на это, ибо я знал, что многое из того, что говорил Лебедев, было правдой»1.