Греко-католическая церковь постепенно заполняет богослужения новшествами, позаимствованными с Запада, мелодии и напевы восточных песнопений подменяются латинскими тихими читаниями, вводят безбрачие духовенства, затирают разницу между латинским и униатским духовенством, портят текст книг и церковно-славянский язык, допускают в церкви органы и т. д. Из церкви выживается все, что могло напоминать о былой ее связи с православным вероучением и Россией. Гонения на духовенство русской ориентации приняли настолько резкий вид, что уже сама причастность к русской идее считалась преступной. Униатская церковь создает собственную богословскую украинскую национальную систему. Она, раньше известная в народе под названием «русской церкви», переименовывается в «украинскую церковь».
Униатское духовенство и греко-католическая церковь в целом активно выступало в защиту украинского населения против так называемых католических акций и ополячивания его. Украинские попы являлись организаторами, активными участниками и руководителями украинских националистических партий и организаций, которые вели активную борьбу против поляков, продолжавших колонизировать украинский народ…»
Чекисты напоминали, что вступление немецких войск в город Львов — центр униатской церкви, духовенством было встречено повсеместным звоном колоколов, вручением хлеба и соли, организацией собраний и митингов, на которых провозглашали самостоятельность Украины и благодарили фюрера.
Одновременно Шептицкий обратился ко всем епископам православной церкви Украины с письмом, в котором призвал их к объединению во имя национального единения и прекращения внутринациональных и междуцерковных раздоров. Униатское духовенство начало проповедовать братство с русскими:
— Мы братья! Мы одно! Бог един во Троице, так и мы (русские, украинцы и белорусы) едины! Наша вера одна, наши обряды одни и те же, зачем нам делиться!
Андрей Шептицкий, по мнению чекистов, выдающийся политик и дипломат, пожертвовал все свое богатство на организацию школ, семинарий и монастырей. Он возбудил ходатайство перед немецкими властями о разрешении ему поехать в Киев, ссылаясь на приглашение киевской интеллигенции, желавшей видеть его киевским патриархом. Немцы не разрешили ему поехать в Киев и отрицательно отнеслись к его идее объединения церквей.
Чекисты исходили из того, что в сорок втором году отношение Шептицкого к немцам начало меняться, а к сорок третьему дух германофильства и вовсе сошел на нет. Послания митрополита, носившие в начале оккупации «профашистское, лакейское направление», приобрели чисто националистическое содержание. Митрополит призывал население к единству и сохранению внутреннего спокойствия.
В конце 1942 года Шептицкий отправил письмо второму человеку в третьем рейхе рейхсмаршалу Герману Герингу, в котором запоздало протестовал против истребления евреев и массового террора в отношении украинского населения. В ответ из Берлина явилась группа гестаповцев, провела обыск в резиденции Шептицкого. Это еще больше настроило митрополита против немцев.
Он запретил духовенству молиться за Гитлера и его воинство. Считал поражение Германии неминуемым:
— Немцы проиграли эту войну в результате своей идиотской внутренней и особенно национальной политики.
Профессор Илларион Семенович Свенцицкий (один из наиболее близких митрополиту львовских украинских ученых) иронически заметил:
— Оккупация вылечила митрополита от германофильства.
29 июля 1944 года митрополиту исполнилось семьдесят девять лет. В уже освобожденном от немцев Львове он устроил по этому случаю большой прием. Митрополит выразил в своем выступлении такой оптимизм, что удивил духовенство.
— Все в руках Бога, — убежденно говорил митрополит, — и все окончится, вне сомнения, очень хорошо.
Андрей Шептицкий исходил из того, что советская власть отказалась от прежнего враждебного отношения к религии, духовенству и верующим. Отметил, что восстанавливаются духовные семинарии, богословская академия во Львове. Военные приветствуют на улицах священников. Это ли не доказательство уважения советской власти к религии?
Во время войны Сталину пришлось умерить гонения на религию и церковь. Казенные лозунги не работали. За колхозы красноармейцы сражаться не хотели. В отчаянии вождь обратился за помощью к тем, кого старательно гнобил, в том числе к церкви и священникам, чтобы они благословили красноармейцев на смертельный бой.
Кроме того, союзные отношения с Соединенными Штатами и Англией требовали внешней терпимости к церкви. Все антирелигиозные газеты и журналы закрылись. На нескольких языках отпечатали книгу «Правда о религии в России» — для внешнеполитической пропаганды. И, наконец, на советских чиновников, несомненно, давило то, что немцы на оккупационных территориях открывали храмы и разрешали богослужения.